天祝境内早在新石器时代就有人类活动。夏商周时属雍州，为戎、羌驻牧之地；秦为月氏地；汉初被匈奴所据。汉武帝时建河西四郡，今天祝地区纳入西汉版图。从此时起至西晋时分属武威郡和金城郡；东晋十六国时分属武威、昌松、广武3郡；至隋代，为凉州武威郡所辖；唐属陇右道凉州武威郡；五代时属凉州，由吐蕃折逋氏家族统治；北宋属西凉府；公元1036年后为西夏属地；元代设永昌路，分属西凉州和庄浪县；明代设陕西行都司，先后属庄浪卫、凉州卫和古浪守御千户所；清代属凉州府，由武威、平番、古浪3县辖之；乾隆十八年（1753）设庄浪茶马理番同知，管辖3县所属的今天祝藏族部落；民国初属甘凉道，由平番县辖；民国三年（1914）裁庄浪茶马同知，设庄浪茶马厅理番委员，由平番县长兼任；民国十六年（1927）改平番县为永登县，民国二十五年（1936）取境内天堂、祝贡二寺之首字为名设天祝乡，属永登县；民国二十七年（1938）天祝乡改为永登县第四区；民国二十九年（1940）复设天祝乡；民国三十三年（1944）废庄浪茶马厅。
1949年9月3日，永登县解放，同年成立永登县天祝区。
1950年5月6日成立天祝自治区（县级），属武威专区；根据政务院总理周恩来的指示，于1953年10月22日改称天祝藏族自治区，1955年7月19日，更名为天祝藏族自治县，属武威专区；1955年10月，撤销武威、酒泉两专区，其辖区并入张掖专区，天祝藏族自治县属张掖专区；1958年12月，撤销古浪县建置，其辖区并入天祝县；1961年11月，恢复武威专区，天祝县划归武威专区管辖；1961年12月，恢复古浪县原建置。
解放后
永登县天祝区下辖9乡。天祝自治区成立后辖10乡。
1952年自治区辖6区30乡。
1956年8月12日，永登县岔口驿乡、古城乡、赛什斯藏族乡，武威县南山乡、铧尖藏族乡，永昌县泱翔藏族乡划归天祝县管辖。
1958年11月成立人民公社，6个区改为6个人民公社；12月古浪县并入后县辖17个人民公社。
1961年底古浪与天祝县分设后天祝县辖16个人民公社、15个牧场。此后的20年中，人民公社的辖区、数量和名称曾多次更变，至1981年县辖14个人民公社、1个镇、11个牧场。1983～1984年，撤销人民公社和牧场，设7区45乡。
1985年10月，撤区并乡，县辖5镇17乡。2004年，县内行政区划调整为8镇11乡。
1949年10月，建立中共天祝区委员会，天祝始有中国共产党组织。
1950年5月建立中共天祝自治区（县级）工委，1956年建立中共天祝县委。2005年，全县有基层党委29个，总支委员会20个，下辖428个支部，有党员8298人，其中女党员1143人，少数民族党员2762人。2004年末，全县干部总数5746人，其中少数民族干部2368人，妇女干部1765人，干部中大专以上文化的3656人。
聚居情况
天祝是一个以藏族为主体的多民族聚居区，是华锐藏区的主要组成部分。 这里自古以来就是藏族先民的驻牧之地。经过长期的融合演变，形成以吐蕃为主体的华锐藏族。明代在今天祝、永登境内有藏族部落52个，3万余人。清同治年间因战乱频繁，灾荒连年，骤减至千人左右。至民国初年形成36族、14寺院。根据分布区域，36族有东山8族、红番5族、安远6族、哈溪5族、西坪山1族、华藏1族、南山4族、莫科2族、石门4族。另有鲁土司管辖的连城8族8寺。天祝建县之初，藏族人口为14012人，至2005年，达到67370人，占总人口的31.64%。土族是天祝县人数仅次于藏族的少数民族，全县各乡镇均有分布，其中天堂、石门等乡镇分布较为集中。2005年，全县土族人口为12506人。
1988年5月，曾由省人大批准成立了朱岔土族乡。自治县成立后，党和政府关心和重视少数民族地区的工作，制定了一系列优惠政策，给予了许多特殊照顾。全县各族人民和睦相处，团结奋进，共同开拓和建设天祝，在发展民族经济、繁荣民族文化和改善人民生活方面取得了巨大的成就。少数民族干部队伍和科技队伍日趋壮大，成为政治经济管理和科技发展的重要力量。
1999年，天祝县荣获国务院授予的“民族团结进步模范县”称号。
宗教地位
藏传佛教在天祝的宗教中占主要地位。50年代中期，有寺院22座，僧人千余。后在历次政治运动中屡遭损毁，僧侣受到不公正待遇。中共十一届三中全会后，党的宗教政策得到落实，14座寺院陆续开放。90年代，有4位活佛转世坐床。同时，伊斯兰教清真寺的恢复和新建，也按照广大穆斯林的意愿得到了落实。全县宗教和顺，社会稳定。
天祝人杰地灵，人才辈出，涌现出了许多杰出的人物。三世章嘉·若贝多吉，是青海省互助县佑宁寺五大活佛之一，出生在天祝县旦马乡，精通藏、汉、满、蒙古、梵5种语言文字，学识渊博，着作等身，被清朝廷册封为灌顶普善广慈大国师、掌教喇嘛，统领全国佛教。三世土观·罗桑曲吉尼玛生于天祝县朵什乡，亦为佑宁寺五大活佛之一，他博学多识，着述甚丰，被清廷封为掌印喇嘛、御前常侍禅师、大呼图克图、静悟禅师。十三世达赖喇嘛的经师华锐·饶布萨出生在天祝县石门镇，他佛学造诣极高，书法功底深厚，在佛教界有很高的地位。此外尚有华锐·罗桑曲达、华锐格西·久美丹曲等许多高僧大德。解放后，张全才、托三主才郎等少数民族人士成为第一代自治区（县）领导人。以后陆续成长起来的领导干部中，杨作林已踏上省级领导岗位，巴玉宝成为天祝历史上的第一位将军，10余人成为地厅级领导干部，进入县处级领导班子的干部已逾百人；以多识、丹珠昂本为代表的一批当代学者在学术、文学、教育领域取得了杰出的成就。数十位教授、副教授在省内外高校任教，县内各行各业中有百余名取得高级职称的专业技术人才。
“天祝”，以境内天堂寺（天堂乡驻地）和祝贡寺（东大滩乡境内）取首字得名，是共和国成立后，1955年周恩来总理亲自命名的全国第一个少数民族自治县。天祝历史悠久，在县城西南部的东坪乡罗家湾、小沟等地出土的新石器时代马场文化遗址。表明4000年前已有人类在此生息。伴随社会的发展，天祝行政区划历经变更。1936将永登县所属藏区改为天祝乡，1938年天祝乡又改为永登县第四区，1940年恢复为天祝乡，1949年解放后为永登县天祝区，1950年5月6日成立天祝自治区（县级），1953年改为天祝藏族自治区（县级），1955年7月19日，经国务院批准，天祝藏族自治区改为天祝藏族自治县，属张掖专区，1961年，撤张掖专区后属武威专区，现属武威市所辖。
据统计， 1956年该寺占地1500多亩，有佛殿14座，经堂40座，活佛昂欠有东科尔、嘉义、嘉若、八哈、玛其、阿万、赛义、莫科、仓哇、德格、夏玛、达隆、华藏等17座；僧人院落300多廓，房屋 4000多间。殿堂楼阁，高墙滦院，各有姿态，互为衬托，共同组成景象壮观的汉藏建筑群。寺内分浚文学院和时轮金刚学院，开设显宗五部经典（即般若、中观、释量、戒律、俱舍）与密宗学科，显密兼备、尤重密宗，并以无上瑜伽密为最高修行次第。寺院有一整套修业、升级、考核及学位评定制度和严密的学经制度，培养出了大批高僧，遂渐成为我国西北地区的名寺之一。该寺宗教节自最隆重的是每年正月间的毛兰木法会，尤其是正月十四日，众多的教徒、游客涌宝寺院，观看跳欠（宗教舞），十五晚上规模盛大的灯节，人们可以观赏到制作精巧的各种灯式和艺术珍品——酥油花。天堂寺周围群山拥绕，形成八宝形状，与《噶当宝典》中预言的观音圣地完全相符，在这殊圣的吉祥宝地，建造了许多的殿堂，也留下了许多殊圣的奇迹。寺内有大量的塑橡、雕刻、壁画、经典、法器及木版印刷、手抄的藏文经典和历史资料。寺院存在的后期，常有不少云游僧人驻足学经，清未有两位西德人在此地研读佛学，可见该寺当时在国外也有影响。清顺治四年（1647），青海东科尔寺四世活佛多居嘉措应天堂寺僧众的邀请，多次大规模地扩建寺院，并成为天堂寺寺主，天堂寺亦成为车科尔寺的属寺。清顺治九年（1652），五世达赖罗桑嘉措进京路过平番（今永登县）镇羌川（今天祝县金强川 ）时，给“天堂寺” 赐“扎西达吉林”之名称，汉语意为“广慧寺”。
祝藏族在历史上实行部落制度，藏语称“措哇”。
1936年成立天祝乡时共有
三十六族十四寺院，1951年7月24日古浪县的安远驿行政村划归天祝自治区，9月22日区政府由南冲寺迁至安远驿。
1952年全区下设6区30乡。
1953年10月撤销四区的四乡、五乡，成立6个乡，当时全县共有6区34乡。
1956年先后将永登县的岔口驿乡、赛什斯藏族乡、古城乡，武威县的铧尖乡、南山乡，永昌县的泱翔乡划归天祝县，全县为6区40乡。
1957年将6个区更名为永安、华隆、夏玛、哈溪、祁连、莫科，撤销安远乡，成立安远镇，全县为6区39乡1镇。
1958年8月5日，全县撤销区、乡（镇）成立7个人民公社和20个牧场，同年12月20日，古浪县并入天祝藏族自治县，辖17个人民公社。
1959年2月25日，祁连公社划给肃南
县，8月1日除铧尖、泱翔大队外，祁连公社划归天祝县，至此全县共11个公社。
1962年元月，恢复天祝、古浪两县建制，全县改为7区48公社。
1966年撤销7个区公委，全县设30个人民公社1镇10个牧场。
1968年为14个公社1镇10个牧场。
1971年祁连、旦马公社和旦马牧场划给武威县，1982年又划归天祝，1983年全县撤销公社，恢复区、乡建制，全县设7区45乡1镇，1984年3月23日，经国务院批准，将天祝藏族自治县驻地迁至华藏寺镇。
1985年10月，撤区并乡为5镇17乡。2001年石门、钱宝、赛什斯乡撤乡设镇。2004年进行乡政行政区划调整，撤销柏林乡、朱岔乡、钱宝乡，全县为8镇11乡，即华藏寺、打柴沟、安远、石门、炭山岭、赛什斯、松山、哈溪等8个镇，东坪、赛拉隆、天堂、大红沟、毛藏、祁连、旦马、朵什、西大滩、抓喜秀龙、东大滩等11个乡。
