“孔融让梨”是一个流传千古的故事，作为孔子的第二十世孙，他很好地继承和发扬了先祖留下来的美德。13岁那年，父亲孔宙去世，孔融悲伤不已，都不能自己站起来，还是别人扶了一把才起来。因此，邻居们都说孔融是一个非常孝顺的孩子。他天生好学，博览群书，还重情重义。
一次，名士张俭被中常侍侯揽解恨，悄悄派人去捉拿他。由于他和孔融的哥哥孔褒是好友，于是逃到了孔家。恰好孔褒不在家，张俭见好友不在，只有16岁的孔融在家，便没有告诉他自己的处境，准备离去。孔融却说虽然哥哥不在家，但自己也是这个家的主人，有权收留他，所以让张俭住了下来。不久，事情败露，国相以下的人都秘密压下此事，张俭得以逃过一劫，可孔融和孔褒却被逮捕了。兄弟俩争着认罪，他们的母亲也说自己是家里年长的人，负责家事，罪责在她。孔家争着赴死，让官员们难以决断，便上疏朝廷，请求皇帝处理。最终，孔褒被定罪，孔融因此而出名。
后来，孔融受到司徒杨赐的征召，成了司徒掾属。他为人刚正不阿，敢于同恶势力作斗争，官位越来越大。汉献帝登基后，他离任北军中侯、北海相等职。东汉末年，局势混乱，他知道曹操和袁绍的野心，所以不愿投靠两人。有人曾劝说他投奔曹操，他听后非常愤怒，当场杀了那人，后来还是投靠了曹操。虽然孔融有才，但自负于才气秉性，空有报国的思想，没有什么实际的行动，从而导致没有实际的收获。建安元年，他与袁谭激战数月，最终败逃山东。
孔融喜欢抨击时政，言词激烈，几次惹怒曹操。曹操进攻邺城时，屠杀了城内不少居民，袁绍家的女性大都被俘虏，曹丕甚至私自娶了袁熙的妻子甄氏，让他非常看不惯。于是，他写信给曹操说：“武王伐纣，把妲己赏给他。”曹操没明白孔融的意思，问他这是出自哪部经典名作，他回答：“按现在的事情量一量，想当然而已！”孔融看到了曹操的本性，越发不能忍受，经常用一些偏激、傲慢无礼的话批评曹操，令后者非常不满。但孔融非常有名气，暂时动不得，只能容忍着，背地里找机会除掉他。
曹操生性多疑，加上郗虑的诬陷，建安十三年八月二十九日，下令逮捕了孔融。他非常气愤，说道：“父之于子，当有何亲？论其本意，实为情欲发耳。子之于母，亦复奚为？譬如物寄瓶中，出则离矣！”意思是父亲对儿子没什么亲情，不过是因为情欲而产生的；儿子对母亲也没什么感情，就好像一件东西寄存在瓶子里，拿出来就离开了。他原本想要破斥的是世俗流行的关于“孝”的价值论，不知为何会被后世误传为“弑母”。他的一番话，触怒了曹操，下令处死了孔融，并株连全家，年幼的儿子和女儿被人保护着，得以活下来。
