从蛏苗进塘附着，直至苗种收获，大约需要半年多时间的培育管理。这段时间正值隆冬，各种自然灾害频繁，寒潮、风暴、雨雪、冰冻相继而来，给蛏苗带来严重威胁。由于刚进塘附着的蛏苗，潜穴较浅，极易冻死。为此要加强苗塘管理，及时修补塘堤，以免苗塘漏水。同时要防止人为践踏，或入塘捕鱼，特别要严禁鸭群进塘啄食蛏苗。苗塘进、排水口要保持畅通，以利排水。塘内无水或“油泥”（附生在涂面上的硅藻、蛏苗的饵料）稀薄时，应适当加高出水口，这样在退潮后，塘内仍有薄层水，涂面就不会老化干裂。但涂面过于稀烂或淤泥沉积较多时，可将进水口挖得低一些，使退潮后塘内积水尽快排除。
蛏苗附着后20天左右，苗埕上能见到密密麻麻的小孔眼，这便是蛏苗的呼吸孔，在退潮后能明显露出。这时如果涂质过于稀烂，蛏孔就会被浮泥堵塞，不能展开，弄不好蛏苗就会因环境不适而被迫迁移塘外。为此，对涂质过于稀烂的苗塘，应在塘堤四周开挖一条通往塘外的水沟，便于塘水向外渗出，使涂质含水量减少，有利于蛏苗稳定附着。位于高潮区的苗塘，在小水潮期间塘内应关水3天~4天，这对改善涂质柔软度是有利的。坐落在高潮位的沙质涂苗塘因散热快，温度低，必须进行蓄水保温，防止苗塘结冰，防止蛏苗冻死。这样关水一个月后到天气回暖后再放水。若不关水的苗塘一定要有倾斜度，以便排除塘内积水，不致苗涂结冰而冻死蛏苗。
做好蛏苗塘的管理，要特别注意塘水管理和鸟害的防治。
1.塘水的管理。塘水的管理应做到关水与放水相结合，在最后一批蛏苗进塘附着后20来天，因天气已经转冷，塘内应关水保温，直至翌年春天，气候转暖后才开始放水，让蛏苗随潮干露1个月～2个月后起捕放养。
在暴雨、大风、下雪或结冰时，苗塘应保持30厘米水位，蛏苗可以“逢凶化吉”。因为暴雨会破坏涂面平整，导致蛏苗受低盐度海水浸泡，影响正常生长；风浪会带走塘泥，将蛏苗连泥带水冲出塘外；严寒会造成涂泥结冰使蛏苗冻死。通过关水，增强了蛏苗抵抗自然灾害的能力，使蛏苗安全过冬。同时，关水还能对防止涂面结皮老化起到改良涂质的作用。
每逢暖和天气，可使苗塘干露几潮，凭借潮水的涨落，带走因长期蓄水而沉积过多的浮泥，以改善蛏苗的栖息环境。立春过后，即蛏苗临近起捕前1至2个月，便应及时放水，潮进潮出，以加强蛏苗干露锻炼，促使蛏苗在洞穴中进行必要的上、下运动，这样可以提高蛏苗的消化吸收率，同时，通过干露锻炼，能使蛏苗播种后即可适应自然海区潮水涨落的环境特点。
此外，塘水的管理还应做到深水与浅水相结合。暖和天气应关浅水（约15厘米），让涂面接受较多的光照，以促使涂面“泥油”繁殖生长，增加饵料生物，促进蛏苗生长。严寒天气，应加深水位（约30厘米以上），防止冻害。
2.鸟害的防治。鸟害对蛏苗的危害表现在两个方面：一是它能直接啄食苗子，二是它的粪便对蛏苗产生一定的毒害作用。危害蛏苗的鸟类主要有：
（1）野鸭：又名绿头鸭，种类较多，为一种候鸟。每年秋冬成群飞往我国南方海边过冬。它以潮间带小动物为食，每当潮水刚涨上涂面时，便成群飞往蛏田啄食蛏子。
（2）白鹳：又名红嘴鸭，是一种较大的候鸟。它常在溪流池塘中漫游，它们成群结队盘旋在海涂上寻找食物。每年以10月~11月飞往蛏田，啄食蛏子，1只白鹳据说一潮能吃掉30只~40只蛏子，危害严重。
（3）海鸥：经常在海面上盘旋，发现蛏田后迅速地俯冲下去，在水中捕食。海鸥喜群居，当它发现食物后，便发出呼唤，成群海鸥便闻声赶来。主要危害潜穴较浅的蛏苗。
防治海鸟的措施，主要有两种：一是张网拦捕，即在苗塘四周设置大眼拦网，利用鸟类夜间飞行时视觉不清，易撞在网上无法挣脱而被捕获。拦网高2米~3米，网目15厘米，靠竹竿支撑在涂面上。二是利用声、光驱散海鸟。如在塘堤上设置汽油灯或“响丝”（用塑料丝带系于竹竿上，藉风吹发出刺耳的响声）等办法，也有采用土枪猎杀或打锣、鸣鞭炮等，使其受惊后飞去。
