同种的生物可以有共生效应，不同种的生物也有共生效应。生物学上所说的“共生”含义，主要是指不同种的两个个体在生活中彼此相互依赖的现象。 例如，有一种植物名叫地衣。可它并不是单一的植物，而是由藻类和真菌共同组成的复合体。藻类进行光合作用制造有机养料，菌类则从中吸收水分和无机盐，并为藻类进行光合作用提供原料，同时使藻类保持一定的湿度。 菌根是自然界中一种普遍的植物共生现象，是土壤中的菌根真菌菌丝与高等植物营养根系形成的一种联合体。共生真菌从植物体内获取必要的碳水化合物及其他营养物质，而植物也从真菌那里得到所需的营养和水分等，从而达到一种互利互助的高度统一的联合体。研究表明95％的植物根部都有共生真菌的踪迹，菌根能促进作物的生长发育，提高作物的产量和品质，这在许多试验中已得到证实。建立一个以作物—菌根真菌共生体为中心的农业生产体系不仅能增加农业生产的效益，而且是建立可持续的农业生产体系的途径之一。 现代科学已能确认植物与微生物间不可分离的共生关系。植物根部分泌物质来供应微生物的需求，同时微生物也生产各种不同物质来回报植物体，两者实际上乃是共生的伙伴。要使植物健康生长，除了水分、养分之外，足够的有益微生物乃是最重要的必要前提。 植物根际（根圈）是微生物进行养分转化最活跃的区域，也是生物肥力表达的主要场所。大多数养分转化和吸收发生在根际微环境中。植物与微生物的强烈相互作用决定了植物根际这一特殊的土壤微环境，根际微生物在土壤肥力形成中起到重要作用。植物通过光合作用固定的碳素60-80%保留在植物体中，10-25%用于植物根呼吸作用，11-18%以根系分泌物等形式释放到根际中。释放到根际中的碳40-80%被根际微生物代谢呼吸所消耗，20-60%的碳被转化为微生物的生物量或合成代谢产物。 在土壤中根的表面周围约5cm范围内，围绕着高密度的微生物，称之为“根圈菌”。植物排出其特有的分泌物吸引无数的根圈微生物于其周围，使得根部周围的微生物密度远超出非根部的土壤区域，生活在根圈的微生物也分泌出各种有机物，包括氨基酸、低分子醣类、低分子核酸、生长激素及各种酵素等等，这些有机物对植物生长、生殖等生理作用有显著的效果，对农产品的质与量的提升贡献很大。有的微生物侵入根部组织内，在根细胞繁殖，这类称之为“菌根菌”，但它不但不破坏根部组织，却更能与根部细胞交换物质，共存共荣，促使根部活力、吸收力的增强，有利于植物健全的生长与自然抗病力的加强。 在植物体表面也附着有无数的微生物，这一些微生物的存在，不但能使植株强壮，更能保护植物、减少病害。要达到有机农业“减农药”、“减化肥”的目标，就决定于有益微生物在耕地上的培养之成功与否。 这也是专用生物肥PGPR的核心技术所在！
