十四世纪之前，菲律宾群岛上未形成国家，多以土著部落形式存在。据《吴时外国记》记载，最早到达菲律宾群岛的国家力量，是中国三国时期的东吴。
公元226年，东吴宣化从事朱应、中郎康泰浮海巡抚东南亚，抵达过越南、柬埔寨和南洋群岛等地，也曾到过今菲律宾境内的臣延、耽兰和杜薄。
苏禄苏丹国建立
1390年，苏门答腊岛移民米南加保人建立了菲律宾历史上第一个国家——苏禄苏丹国。国境位于今菲律宾南部棉兰老穆斯林自治区西端的苏禄群岛，还有巴西兰省、塔维塔维省中间，巴拉望岛、婆罗洲北部及其他环苏禄海周围的群岛。首都位于和乐。
1417年，苏禄群岛上的三位国王东王巴都葛叭哈喇、西王麻哈喇葛麻丁、峒王巴都葛叭喇卜率领家眷一行340人组成友好使团，前往中国进行友好访问，受到明永乐皇帝朱棣的隆重接待。归国至山东德州，东王巴都葛叭哈喇因病医治无效，遗命留葬中国。明成祖派礼部郎中陈士启前往祭奠，以国王礼节将扒哈剌葬于德州，并赐谥号“恭定”。安葬扒哈剌后，西王、峒王一行辞别归国，而东王一家除长子都马含回国嗣位外，其余家属包括王妃葛本宁、叭都葛苏性，次子安都禄、三子温哈剌等10人留德州守墓。
1450年，阿拉伯商人赛义德·艾布伯克尔在菲律宾南部建立了伊斯兰政权。
西班牙统治时期
1521年，麦哲伦探险队于地理大发现首次环球航海时抵达菲律宾群岛。
1565年，宿雾岛为来自墨西哥的西班牙人所占领，此即西班牙统治菲律宾的开始。菲律宾之名，乃自当代西班牙国王菲利普二世而来。
1726年，苏禄国王再次遣使到清廷朝贡。
1851年，西班牙侵占和乐岛，清朝与藩属国苏禄王国的交往中断。
美国殖民统治时期
1898年，爆发美西战争；6月12日菲律宾宣告独立，成立菲律宾共和国。尔后西班牙战败，签署“巴黎和约”，美国接收菲律宾，改由美国统治。
1935年3月24日，建立菲律宾自治邦。
菲律宾共和国时期
日军于1942年1月2日占领马尼拉；4月9日攻下巴丹半岛；5月10日，驻棉兰老岛和北吕宋山区的美军投降。18日，驻班乃岛美军投降。至此，日军控制菲律宾全境。随后，日本人成立了一个独立准备委员会负责起草宪法。
1943年10月14日，日本占领军扶植劳威尔成立了一个傀儡政权，史称菲律宾第二共和国（1943年—1945年），正式名称为菲律宾共和国。
第二次世界大战结束后，菲律宾再次沦为美国殖民地。
独立建国时期
1946年7月4日，美国同意菲律宾独立。菲律宾获得完全独立。此后，自由党和国民党轮流执政。
1965年，马科斯就任二战后第六任总统。
1971年，斐迪南·马科斯成功连任，同年取消总统任期只有两届的限制；未久即宣布戒严，开始独裁统治。
1986年2月7日，提前举行总统选举，贝尼格诺·阿基诺的夫人科拉松·阿基诺在民众、天主教会和军队的支持下出任总统。
1992年，菲德尔·瓦尔德斯·拉莫斯胜选，科拉松·阿基诺和平转移政权。
1998年5月，约瑟夫·埃斯特拉达当选总统。
2001年1月，埃斯特拉达因受贿丑闻被迫下台，副总统阿罗约夫人继任。
2010年6月9日，自由党总统候选人贝尼尼奥·阿基诺三世当选菲律宾第15任总统。
2010年6月30日，菲律宾当选总统贝尼尼奥·阿基诺三世在首都马尼拉宣誓就职，成为菲律宾第15任总统。
2015年10月28日，当选联合国人权理事会成员，任期自2016年至2018年。
