是高雄市发展最早的地区。明末清初,就有许多来自中国的船只停泊。
在1860年中英《北京条约》后,旗后正式开港通商,万帆聚集,成为高雄的首善之区,清廷于1862年在此设立旗后海关分关。
1898年,日本在此设立高雄第一所学校-打狗公学校(今旗津国小)。
1909年设打狗区役场于旗后,但在1920年设立高雄街后,区役场被迁往哨船头。
1925年,日本取“旗鼓堂皇,津粱永固”之义,改地名为“旗津”,战后改设高雄市旗津区。原本和南端小港区相连,但是因为要盖高雄港第二港口,所以就被炸断了。
1979年高雄市升格为直辖市,并将东沙岛及南沙太平岛划归旗津区管辖。
1984年5月,高雄过港隧道通车,使旗津的对外交通大为改善。
1967年,为开中洲岛辟高雄港第二港口,将旗津与台湾相连的沙嘴切割,使得旗津再度成为沙洲离岛。
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