在原始时期，越南国土上已有人类活动的痕迹。在谅山省的平嘉发现猿人牙齿、清化省的度山发现旧石器时期的工具。出现过数种文化遗址，“和平文化”、“北山文化”等，当时的先民利用石器、竹木器、陶器等物品，从事狩猎及采集。
公元10世纪起，来往的船只多起来。从15世纪开始，已经有外国船只来往，这里成了重要的水路交通枢纽。
在一百多年前，海防市还只是一个居住着数十户人家的小渔村。
1870年，阮氏王朝在这里修建码头、设立商馆、建立兵站，执行海边防务，后人遂简称为“海防市”。地名起源于此。
1870至1873年，裴维恩嗣德委托，取得了名为宁海河口禁止和在大陆沿海防御基地附近的一个港口的建设，被称为牙科海防瓷器。当法国打到北美的第一次战争时，在海宁港，阮和法国建立了一个共同的税务机关，商业管理在这一地区被称为天赐海阳受伤。
1874年，法国强迫阮朝准许法国在海防市驻军，并且扩建港口，开发越南资源，把海防市作为掠夺越南财富和镇压越南人民抗法的主要据点。
1888年在法国殖民政府之下升格为市，以“港口城市”发展。
十九世纪前，越南长期处于封建统治之下，十九世纪后半叶沦为法国殖民地。殖民统治者在经济、政治、文化上对越南实行残酷的压迫和剥削政策，越南人民在痛苦的环境中生活。由于不堪残酷的剥削和压迫，在法国殖民统治期间，各种反抗运动不时发生。
从十九世纪下半叶到1930年之间，爱国反法殖民运动在越南各地风起云涌。其中有以“勤王攘夷”为目标的民族解放运动，以及全国各地掀起了轰轰烈烈的反帝国主义殖民运动，展开大规模的民族独立斗争等等。这些运动唤醒了人民的斗争意识和爱国精神，鼓舞了人民的斗志，但是由于没有正确的指导思想，最后都失败了。
1927年，越南民族独立者成立国民党，要求建立独立的资产阶级共和国。 在1929年底，该党因为内部分裂而被削弱。
1945年11月7日，英军不顾同盟国总部的规定，派出八架英国运输机满载法国士兵突然降落在十六度线以北的顺化机场，既是对中国占领军的示威，更是一种军事试探。26日，西贡派出法军代表萨里少将乘专机飞抵河内，口头通知陈修和将军，法军巳决定28日在海防港登陆。27日，海防变成了一座巨大的兵营。中国军队下令将所有法国侨民关入日本人过去曾关押过他们的集中营。市民也倾巢撤往后方。
1945年8月，越南共产党召开全国代表会议，决定发动总起义，夺取政权。因为总起义获得完全胜利，推翻了80多年的殖民统治和近千年的封建统治，成立了越南民主共和国。
1946年11月，越军投入抗法战争。在8年的抗法战争中，尤其在后期，在中国援越军事顾问团的帮助下，越军部队发展较快，组织指挥系统已较健全，战斗力明显提高。
1946年12月19日，法国方面撕毁和越南民主共和国的协议，投入10万军队发起全面进攻，越南抗法救国战争全面爆发。法军在战争初期以“速战速决”的方式发起猛烈攻势，越南军队进行河内等城市的保卫战后，撤入山区农村开展游击战。
1954年，海防市人民配合奠边府战役，袭击了涂山机场和吉碑机场，摧毁法国飞机86架。
1955年5月13日，越南军队战士接管海防市。两个黄色星号的红旗骄傲地挥舞着战胜海防天空，预示开始了新的篇章。在1955年5月15日，最后法国士兵从海防退出，海防市获得解放。
海防由国民议会越南民主共和国在1962年10月27日成立的决定（社会主义越南的国民议会现在的共和国），综合城市的基础上。海防是当地丰富的革命传统。
1993年由越南政府核定，设立越南第一次出口加工区，发展出口工业。
2004年与中国广西北海市建立友好合作关系。
2006年3月，与中国广西南宁市建立友好合作关系。
