怀塔哈企鹅（学名：Megadyptes waitaha，英文名：Waitaha penguin）是企鹅科黄眼企鹅属一种已灭绝的企鹅，于2008年11月期间不经意地在研究新西兰的黄眼企鹅时识别出来。奥塔哥大学及阿德莱德大学的研究团体将一批500年及100年前的企鹅脚骨与现存的企鹅标本进行比对，预期所有脚骨均属于已知的黄眼企鹅。但500年前的这一批脚骨，却出现了不同的DNA排序，普遍大小也比黄眼企鹅小10%，相信是一种与黄眼企鹅相近但却独立的新种。由于当地毛利人对此物种全无纪录，因此研究团体估算怀塔哈企鹅应在公元1300年－1500年间面临绝种，大约是稍迟于毛利人到达新西兰的时间。本次报告发表在英国科学期刊《Proceedings of the Royal Society》上。
发现过程
怀塔哈企鹅2008年，澳大利亚和新西兰科学家利用采自新西兰远古企鹅化石的DNA，以及濒临灭绝的黄眼企鹅的遗传信息，确定了一种以前未知的企鹅新种——怀塔哈企鹅（Waitahapenguin），并认为，黄眼企鹅是作为怀塔哈企鹅的替代者而出现在新西兰的。相关论文发表在英国《皇家学会学报B》（ProceedingsoftheRoyalSocietyB）上。
新西兰奥塔哥大学的SanneBoessenkool和同事利用采自史前企鹅骨骼化石的DNA，结合形态学分析，确认了这种大型怀塔哈企鹅的存在。
研究人员认为，怀塔哈企鹅在公元1500年左右走向灭绝，这为黄眼企鹅定居新西兰提供了机会。研究小组成员JeremyAustin说：“我们的研究表明，新西兰黄眼企鹅并不是早前丰富种群的残留，它们是新近从亚南极而来，取代了灭绝的怀塔哈企鹅。它们生活在新西兰大约只有500年。”
他说：“这两个种群间的竞争先前阻碍了黄眼企鹅向北部地区的扩张，但一些捕食者种群的变化，比如海狮数量的剧烈变化，可能促进了它们在南部岛屿的定居。”
研究人员表示，这一令人吃惊的发现表明了物种会以意外的方式对人类和环境影响作出反应，并显示出物种灭绝事件对塑造当前环境的作用。
