新办物流企业由于资源与地方规定自开票有差距,代开发票由主管地方税务机关按发票金额3.3预征所得税,国税规定我们实行查账征收、需要按季按25%税率征收所得税、并当期不得抵减开具发票时已向地税机关已预交3.3的所得税、有法律依据吗?我们认为向国税机关申报所得税时应当将向地税机关预交的3.3%所得税作为国税申报时的已经预交数进行抵减、年终进行汇算清缴才符合税法的立法原则,请问相关法律依据级规定。 根据《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》(国税发[2004]第088号)文件的规定: 四、关于货运发票开具问题 (一)按代开票纳税人管理的所有单位和个人(包括外商投资企业、特区企业和其他单位、个人),凡按规定应当征收营业税,在代开货物运输业发票时一律按开票金额3%征收营业税,按营业税税款7%预征城建税,按营业税税款3%征收教育附加费。同时按开票金额3.3%预征所得税,预征的所得税年终时进行清算。但代开票纳税人实行核定征收企业所得税办法的,年终不再进行所得税清算。 因此,贵公司代开发票时预征的所得税在年终时进行清算。 仅供参考。具体事宜请直接咨询的主管或所在地税务机关咨询。