（一）细胞分化的本质：差别基因表达或组织转移性表达。 （二）核质关系归根结底是基因与蛋白质的关系。 细胞核在细胞分化中的作用： （1）细胞核决定细胞的基因型，进而决定细胞的表型，是细胞发生分化的物质基础； （2）基因的差别表达是细胞分化的本质，持家基因、奢侈基因，基因差别表达对细胞分化方向的影响主要表现在奢侈基因的差别表达上； （3）基因差别表达的调控水平主要在转录、转录后、翻译和翻译后水平上。 细胞质在细胞分化中的作用： （1）细胞质能影响核基因的表达模式，决定基因的差别表达； （2）细胞质中影响基因差别表达的物质基础是决定子，决定子为蛋白质和RNA性质的物质，不同性质的决定子影响细胞向不同的方向分化； （3）决定子的调控激活方式主要有隐蔽mRNA的利用、无帽信息的修饰、封存信息的利用和翻译效率的改变等。 细胞核和细胞质的相互配合方式： （1）细胞核和细胞质的关系问题（核质关系）本质上就是基因组与蛋白质组的相互关系问题； （2）胞质中的细胞质因子影响基因组的表达模式，使基因发生差别表达，产生特异性功能蛋白质组； （3）所产生特异性功能蛋白质组反过来又能影响基因组新一轮的基因表达，产生新的功能蛋白质组； （4）新的功能蛋白质组又会影响基因组下一轮的基因表达；进一步产生更新的功能蛋白质组；如此循环，使细胞分化越来越复杂越来越高级，引起细胞在形态、结构与功能上逐渐出现差异，最终由一个细胞（受精卵）逐步分化成各种细胞，形成了各种组织和器官，构成了复杂的生物个体。
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