1868年 日本人发现此岛。
1879年 日本人进入该岛。
1896年 6月30日 水谷新六到达该岛屿,同时从母岛46人殖民该岛,并将村落命名为“水谷”。
1898年 7月24日 正式命名“南鸟岛”并纳入当时的东京府小笠原支厅管辖。
1902年 美国由夏威夷派出军舰,尝试取得该岛主权,但日本也派出军舰并率先美国一步登岛牵制,两军在岛上发生小规模冲突,最终,美国被迫承认该岛为日本领土。
1933年 全岛居民撤离,成为无人岛。
1935年 设立海军气象观测所。
1942年 3月4日 二战期间,日本在岛上驻有军人4000人,美国海军于该日对该岛上的日军进行第一次进攻,次年1943年8月31日第二次进攻,但均以失败告终。
1943年 7月1日 日本将东京府废除改制为东京都。
1945年 该岛被美军占领。
1952年 根据旧金山和约,该岛交付美国托管。
1968年 美国将该岛归还给日本,该岛重新被并入东京都小笠原村。
现与小笠原群岛和火山群岛属同一行政区管辖。岛上设有军事机场南鸟岛航空基地和气象站,并有南鸟岛航空派遣队驻扎。岛里的一边设立1380m的机场跑道,用来通航、补给,亦设有港口,但因岛浅滩有珊瑚礁,大型船只无法接近,必须靠小船接泊。