隋代改为溵水。宋太祖赵匡胤为避父讳(其父名赵弘殷),讳“殷”、“溵”等字,“殷”、“商”为同一王朝名,改“溵水”为“商水”。
商水地域在西周时,属沈国。春秋时,蔡昭侯十三年(公元前506年)沈国被蔡国所灭,此时其县境西部属蔡国,东部属顿国。楚昭王二十年(公元前496年),楚国先灭顿国,后又灭蔡国。
战国时,属楚国。
秦,在阳城(含舒庄乡扶苏寺村)置县,属陈郡。陈胜、吴广起义时期,改阳城为扶苏。
西汉时,属豫州汝南郡,县境分属阳城、汝阳、博阳三县。其后其县名屡经变换,至隋开皇十六年(596年),在其地域上又分置了殷水肥(治所为商水老城,另一说在今邓城镇潘堂)。大业初年(605年),并汝阳县入殷水县。皇泰元年(618年),置扶苏县,与殷水县同属陈州淮阳郡。
唐武德五年(622年),并扶苏县入殷水县,属河南道。贞观元年(627年)属陈州。兴元元年(784年)属陈州淮阳郡。
五代,县名仍称殷水,属陈州。
宋建隆元年(960年),改殷水县为商水县。
1947年8月18日,商水县城第一次解放;10月23日,商水县城第二次解放;11月成立商水县民主政府,12月又在其今日辖地西部成立了郾商西县民主政府。
1949年2月,郾商西县并入商水县。
1952年6月10日,周口市改为镇归商水县管辖,商水县政府由商水城关迁到周口,属淮阳专区。
1954年5月5日,商水县与周口镇分署办公。
1958年,周口镇第二次并入商水。
1965年11月25日,商水县与周口镇再次分署办公。
1975年,商水县直机关由周口迁至商水老城至今。
1953年前,商水县属淮阳专员公署。
1953年—1965年,属许昌专员公署。
1965年后属周口专区(周口地区),2000年8月2日属周口市。