南京教案与明末天主教。利玛窦去世后，意大利西西里人龙华民继掌中国天主教教务。他对于利玛窦认为无关紧要的，如祀天、祭祖、拜孔等仪式，都视为迷信，禁止教徒参加。社会人士因而产生反感，反教风潮也随之而起。
1616年5月、8月和12月，南京礼部侍郎沈[氵隺]〔que却〕三次向明神宗上疏，认为西方传教士散处中国，时有窥伺之举；劝人崇奉天主，不祀祖宗，是教人不孝，有背名教；私习历法，有乖律例私习天文之禁；聚男女于一室，抹圣油，洒圣水，易败坏风俗，淆乱纲纪（《南宫署牍·三参远夷疏》）。南京诸大臣，如晏文辉、余懋〔mao茂〕孳、徐如珂等，都应声附和。士大夫也纷纷著书，如虞淳熙的《利夷欺天罔世》、林启陆的《诛夷论略》、钟始声的《天学初征》和《天学再征》、邹维琏的《辟邪管见录》、许大受的《圣朝佐辞》等，指责天主教“暗伤王化”，“诬妄先师”，“左道惑人”，从而掀起非教风潮。7月，徐光启在北京上《辨学章疏》，竭力为传教士辩护：
臣累年以来，因与讲究考求，知此诸陪臣（西方传教士）最真最确。不止踪迹心事，一无可疑，实皆圣贤之徒也。其道甚正，其守甚严，其学甚博，其识甚精，其心甚真，其见甚定。在彼国中，亦皆千人之英，万人之杰。所以数万里东来者，盖彼国教人，皆务修身以事天主，闻中国圣贤之教，亦皆修身事天，理相符合，是以辛苦艰难，履危蹈险，来相印证，欲使人人为善，以称上天爱人之意。（《徐文定公集》卷五）
李之藻在高邮，杨廷筠在杭州，都致书南京官员请求保教。但沈[氵隺]交结礼部尚书东阁大学士方从哲，令巡城御史孙光裕逮捕王丰肃、谢务禄，并陆续关押教徒二三十人。然后具疏奏请，促使皇帝于12月28日颁下禁教之令。次年，庞迪我、熊三拔、王丰肃、谢务禄等被押解广东，其他传教士都隐匿民间。1621年山东白莲教起义，沈[氵隺]升任礼部尚书东阁大学士。他勾结魏忠贤，指责天主教为白莲教，再次指使南京逮捕教徒。传教士纷纷迁居杭州杨廷筠和上海徐光启家避祸。1623年沈[氵隺]被首辅①叶向高所排斥，南京教案才告平息。王丰肃改名高一志，谢务禄改名曾德昭，潜入山西、浙江、陕西等地传教。
此后，非教风潮仍连绵不绝，如1625年艾儒略至福建传教，引起施邦曜、黄问道、陈候光、李维垣、黄贞等士大夫厌恶，故有非教论著《示禁传教》、《辟邪解》、《辨学刍言》、《请颜茂猷辟天主教事》、《不忍不言》、《破邪集》等相继问世，掀起一股不大不小的风潮。但明末因满族崛起，边防危急，以及历法失修，推验多误，需要借助西方传教士制造火炮和修订历法，被驱逐的教士复又召回。在徐光启的推荐下，邓玉函、龙华民、阳玛诺、艾儒略、毕方济、汤若望、罗雅谷等先后来京供职，取得合法身分，有了传教的便利。崇祯初，龙华民、汤若望、罗雅谷三人甚至可以出入宫禁，天主教也因此深入宫廷。传说明思宗崇奉天主教，曾下令将宫中佛像用麻绳铁索拖曳而出（木陈忞〔min民〕《北游集》）。此说虽无确证，但宗室内臣，皇亲眷属，信教者不乏其人。当时的传教士“出入宫廷，颇形利便，与太监等往来，常乘机言圣教道理”。1630年，御马太监庞天寿首先由龙华民领洗奉教，不久，由汤若望陆续领洗40人。宫中为汤若望特设圣堂一所，几年内受洗者竟有540名之多（徐宗泽《中国天主教传教史概论》）。
1613年，耶稣会为了扩大在华传教规模，派遣金尼阁回罗马，要求增派教士。金尼阁请求教廷批准中国自成一个省区。当时在华教士不满20人，会所不过五处（北京、南京、肇庆、韶州、南昌），教徒不足一万，因此只改划为副省区，和日本同属一个省区。虽获准用汉语举行弥撒和念经，但未实行。龙华民以后，罗如望（1623年）、阳玛诺（1625年）、傅泛际（1636年）相继担任在华耶稣会中国传教会会长。后又分华北、华南二大教区，傅泛际任华北会长，管理北京、山东、陕西、山西、河南教务，共有教士五人。其中山东济南开教，龙华民出力最多。陕西西安开教始自汤若望。山西绛州开教，始自高一志。河南开封开教，始自毕方济。艾儒略驻福州，任华南会长，管理南京、江西、湖广、四川、浙江、福建教务，共有教士15人。杭州开教，始自郭居静、金尼阁。扬州、福州开教，均始自艾儒略。武昌开教，始自何大化。此外，南雄、上海、嘉定、常熟等地，都建有教会。广东、广西自1575年起由澳门主教区兼管。1632年天主教传入海南岛。1641年利类思在四川开教。至崇祯末年，全国已有13省传入天主教。
清兵入关后，南明政权于危急之中曾通过传教士赴澳门向葡萄牙政府借兵。意大利那不勒斯人毕方济在南京教案后被迫离开北京，至嘉定、上海、开封等地传教。1628年，明神宗第三子福恭王朱常洵〔xun巡〕在开封多次召见他。1644年，常洵之子福王朱由崧在南京建立弘光政权后，派毕方济赴澳门求援。1645年3月毕方济自南京启程，及抵澳门，南京已经失陷。唐王朱聿键继而在福州称帝，改元隆武。毕方济于1628年在南阳曾与唐王结识，这时赴福州进《修齐治平颂》，表示愿为南明政权效劳。唐王赋诗赞美他为“西域之逸民，中国之高士”，命他同内监庞天寿去澳门商借兵械。1646年8月，唐王被清兵所俘，桂王朱由榔〔lang郎〕在肇庆登基，建立永历政权。毕方济又跟从永历帝，在广州建立教堂，1647年他曾引领葡萄牙士兵300人守桂林。
在南明宫廷，司礼监掌印太监庞天寿10多年前就已领洗，教名亚基楼·契利斯当。在他劝导下，宫中设有小堂，供奉耶稣。一年后，即1648年，皇太后、皇后由德意志人瞿纱微付洗入教。永历谪母王太后，教名烈纳，永历生母马太后，教名马利亚，皇后教名亚纳。永历帝因多蓄姬妾，不能受洗。新生的太子慈煊，患重病后也受洗入教，教名公斯当定，意欲模仿君士坦丁大帝奉教创业。宫中先后受洗的妃嫔有50人，宦官更多，大臣也有40人。皇太后派使臣赴澳门要求司铎为明室祈福，受到葡萄牙总督的款待，澳门官员以火铳100个赠予庞天寿，并派兵相助，充当侍卫。
据罗马教廷宣教部档案，永历政权中掌握军政大权的庞天寿，在耶稣会教士的怂恿下，首先表示愿意遣使进谒教皇，并向耶稣会会长致意。于是烈纳太后有了向教皇英诺森十世和耶稣会会长通书之举。担任使者的是匈牙利籍波兰人卜弥格。汉文国书两件由瞿纱微、卜弥格译成拉丁文，用黄绢金边卷轴书写，一件首题“大明宁圣慈肃皇太后致谕于”“代天主耶稣在世总师、公教皇主圣父”，一件“敕谕耶稣会大尊总师神父”。庞天寿另有上罗马教皇书。庞天寿致耶稣会会长书，用朱书红印，并有银牌一面，上刻汉文和拉丁文，献给罗马圣伊纳爵墓。庞天寿还有红色长方形帖子一件，由卜弥格递交威尼斯共和国，原件今存威尼斯市档案馆。
1651年1月，卜弥格赍书由肇庆出发，随行的中国教徒秦安德年仅19岁。在澳门和果阿，葡萄牙当局因不愿招致清朝不满而加以阻挠。卜弥格一行至1652年12月才抵达威尼斯。卜弥格以华服华礼向威尼斯政府呈递文件。随即赴罗马，但罗马教廷对他的使者身分极表怀疑，耶稣会总会长也指责他独断独行，私来罗马。直到新教皇亚历山大七世继位后，接获澳门、印度等地主教来函，才确认其使者身分。1655年12月18日，卜弥格蒙教皇召见，呈上烈纳太后及庞天寿书信。教皇复信措词空泛，交由卜弥格携回中国。1658年卜弥格抵达暹罗（泰国）。这时两广已陷入清军手中，永历帝由云南逃亡缅甸，皇太后和庞天寿也早已病故。卜弥格无法复命，次年病死于百色。在此期间，另一位耶稣会教士瞿纱微也曾为永历政权求援于澳门，遭到拒绝。1651年永历帝从南宁出走时，瞿纱微随同乘舟西行，中途被清兵追杀。
耶稣会在明朝宫廷中的传教活动所取得的成功，由于明王朝的灭亡而前功尽弃，但在民间的传播，特别是天启、崇祯年间的进展却一直持续到清朝初期。全国天主教徒的人数，到1615年已由2500人发展到5000人，1617年南京教案后增至1.3万人，1638年为3. 8万人，1650年为15万人，1664年教徒有16.44万人。这些教徒分布在华北（直隶、山东、山西、陕西、河南、四川），中央（福建、江南、浙江、江西），华南（海南、两广）三教区。华南区归澳门管辖，属日本省区。华北、中央属中国省区耶稣会。教徒集中的城市有上海（4. 2万人）、汉中（四万人）、西安（二万人）、常熟（1. 09万人）等。另据教士毕嘉于1667年在广州狱中所写的报告称，从1581年至1664年的83年中，耶稣会在华共付洗24. 6万人，比上述数字多八万多人。其间到中国省区传教的耶稣会教士有82人，日本省区12人。同一时期共印天主教书籍131种，算书100种，学术及伦理、物理书籍55种。教徒刊印的教义著作也有14种（高龙盘《江南传教史》）。天主教的第一部丛书、李之藻在1629年编印的《天学初函》，也出版于这一时期。《天学初函》共52卷，其中教义神学和各种学术著作20种。这些著译的刊印，说明利玛窦以后，耶稣会教士仍继续以介绍自然科学和技术知识为手段，来达到传播天主教的目的。因此，金尼阁在1620年自罗马返回中国时，有携带教皇赠书7000余部之举。
除了耶稣会外，方济各会、多明我会等也在这一时期进入中国。1590年，教皇曾派遣方济各会教士四人出使中国。天启年间，西班牙侵占台湾的鸡笼、淡水，并建立教会，以之作为进入中国传教的基地。1630年，多明我会教士数人从台湾渡海前往福建传教，只有古奎一人登陆。1633年，教皇允许其他修会与耶稣会同享在中国传教的权利，葡萄牙及耶稣会在中国独享的传教权始行破坏。1631年，西班牙的菲律宾总督应古奎的请求，派多明我会教士黎玉范等及方济各会士栗安当至福建传教。 自1650年至1664年共施洗3400人，拥有会士30人。1633年，又有来自菲律宾的教士10人至山东传教。自1633年至1660年共施洗3500人。（殷铎泽《1671年4月18日致罗马宣教部报告》）
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注释：
①首辅是明代内阁最高长官，又称大学士。地位相当于唐宋时期的宰相。
