大宝积宫建于明万历十年（1582年），东向，平面呈方形，面阔进深均为两间，重檐歇山屋顶，前廊式建筑，造型庄重典雅。其建筑特色在于上下檐均施斗拱，构成网状如意斗拱。
宫内共保存壁画12幅，壁画完好部分面积为61.48平方米，是丽江现存规模最大、保存较完好的壁画，具有珍贵的历史价值。
壁画内容为宗教活动和故事，突出特点在于把佛、道、喇嘛三教人物等融合在了一起。其中三幅绘孔雀明王法会、如来说法、观音普门品等变相，是佛教禅宗题材。
另有七幅属佛教密宗题材，画大宝法王、绿度母、降魔祖师、金刚等；还有两幅是道教题材，画天、地、水、三宫，文昌、真武、四灭君、风雨雷电四神。
壁画中以《如来讲经图》最负盛名，这幅壁画高3.67米，宽4.98米。画面中人物众多，如来佛朱衣金身端坐正中，上列十八尊者，两侧画四大天王等诸神，造型准确，线条细腻流畅，色彩艳丽，形象生动。
西壁的《莲花生祖师图》和北壁《观音普门品变相》不仅仅是表现宗教活动，还描绘了织布、捕鱼等生产活动场景和社会生活，是当时历史的写照，具有鲜明的云南地方特点。
壁画题材丰富多样，反映明代纳西族木氏土司吸收了多种宗教文化。另外，壁画表现技法还融合吸取了汉、藏、纳西等民族优秀传统手法，可谓研究我国民族学、艺术学的一份珍贵的史实资料。
琉璃殿建于明永乐十五年(1417年)，坐西向东，稍偏北，平面正方形，面阔三间，进深四间，重檐歇山屋顶，抬梁式结构。用柱二十根，柱梁粗实，檐下施斗拱，斗拱雄健，宽敞壮观。
殿内残存壁画21幅，每幅横120厘米、纵60厘米。壁画创作于明永乐年间至清末。早期作品朴实，晚期作品粗犷奔放。壁画旁有“中顺大夫土官木初造”等题记，据其可知，壁画乃木氏历代承袭或因袭上官所供奉。
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