现实世界是丰富多彩、复杂多变的，理论总是灰色的，这个世界的发展速度如此之快，如此的不均衡，不论是现实主义，还是新自由主义，往往只能提供对部分现实和部分地区的解释，任何理论范式都表现出一定的局限性。就复合相互依赖理论来说，其不足之处是：
第一，该理论没有对问题联系和议程变化进行全面的分析。基欧汉与奈认为复合相互依赖的特征之一是各社会间的多渠道联系，复合相互依赖的政治进程包括联系战略，“联系战略及其防范，将成为各国面临的关键性战略选择。”在对机制变迁分析时，他们强调特定问题领域的权力之源，并发展出“问题结构解释模式”。学者阿瑟·斯坦指出的，“联系是国际政治问题研究纲领的核心分析问题。……联系政治经得起许多情境的检验。”可见该问题的重要。然而，基欧汉与奈只是说明了在复合相互依赖的条件下，特别是弱国将会建立各种联系，但他们并没有能够创立任何有关联系的理论，来详细说明什么情况下联系将会出现。这就不利于理解复杂的政治讨价还价的过程。如果成功地提出一个联系理论的话，“必然会加深对世界政治的理解。”议程形成也是基欧汉和奈分析复合相互依赖政治过程的类型之一。国际政治的传统分析家很少关注议程的形成，而在复合相互依赖的条件下，议程的形成和控制变得重要了。基欧汉与奈谈到了影响议程的各种因素，但并没有具体论述议程变化的模式，或议程变化发生的时间和发展方向。
第二，该理论忽略了或没有充分论述国内政治对相互依赖的作用及国际关系对国内政治的影响。为了简洁，作者将复合相互依赖的分析限定在国际系统层次，通过国际体系的进程来研究复合相互依赖关系是如何影响行为体的国际行为。
正是运用这一方法作者建立了新的理论。但根据复合相互依赖理论的假定，国内政治与国际政治没有严格的区分。社会间交往的多渠道意味着国家并非单一的行为体，“国内的”和“体系的”绝对边界不复存在了。在复合相互依赖条件下，国内政治必然会对相互依赖的政治产生影响，同样，国际政治也会影响国内政治。要想理解诸如复合相互依赖的系统进程，我们必须要知道国内政治如何影响相互依赖的模式与机制的形成。这就需要相应地理解经济相互依赖和国际机制如何影响国内政治。也就是说，要想理解复合相互依赖的变化，就必须理解国家目标优先顺序的变化，而后者只有通过分析国内政治模式和国际政治模式的相互关系才能了解。但基欧汉与奈并没有从理论上说明国内政治（如国家利益是如何定义和重新定义的）对相互依赖政治的影响，也缺乏对国际政治如何影响国内政治的系统分析。如果没有对这两种政治相互影响的理论阐述，“不放宽系统理论的视角，想确立复合相互依赖的概念是不可能的。”
第三，复合相互依赖理论关于武力作用的分析值得推敲。基欧汉与奈指出复合相互依赖的其中一个特征是武力不起主要作用。在复合相互依赖条件下，武力不再是有效的政策工具。如在发达的工业化国家之间，相互攻击的恐惧不复存在。
加拿大在20世纪30年代就放弃了最后一个对美作战计划。英国和法国不再感到相互威胁。法德之间实现了和解。在绝大多数情况下，欧美各国间不会再用武力解决它们之间的经济冲突和政治分歧，“武力已不再是政策工具，或者说武力作为政策工具已经无足轻重”。这一特征说明随着经济、社会、生态等多维相互依赖的发展，在某些领域国家行为不再为传统的军事安全政策所支配，现实世界武力使用受到了各种限制。与此同时，由于核战争的巨大风险、贫弱国家人民的反抗、国内舆论的反对等等，大国使用武力的代价越来越高。然而在现实世界还大量存在武力经常发挥着主要作用的现象。如基欧汉和奈自己也认为“在南北关系、第三世界国家之间的关系和东西方关系中，武力常常起着重要的作用”。即使是符合复合相互依赖关系的国家，武力仍然是重要的政策工具。在冷战时期，军事安全问题始终是欧美关系中最重要的议题。
而且如作者所认为的“每个超级大国都使用武力来遏制对方攻击自己或自己的盟友；其威慑能力起着间接的保护作用，超级大国又利用这种保护与盟国在其他问题上讨价还价”。例如，“美国利用欧洲人对美国保护的渴望，将美国在欧洲的驻军的数量与美欧贸易、货币谈判挂钩。”美国通过与苏联的核军备竞赛既制约对手的有效进攻又积极地利用它获得政治影响力。武力在欧美关系中并非起着次要作用。在澳美关系中，澳大利亚在冷战期间始终关注着安全问题，强调安全事务优先，经济事务次之。这样就存在着一个问题，即在什么条件下武力不是有效的政策工具?遗憾的是基欧汉与奈并没有做出理论适应条件和范围的说明。正因为如此，复合相互依赖的特征如关于武力的作用问题引起了质疑或误解。
