“昌吉”本为“仰吉”之转音，原系突厥语，涵义是“新”的意思。早在《突厥语大词典》和《元史·地理志·西北地附录》里都记载有“仰吉八里”（意为新城）这一名称。 “昌吉”之名大致是由张堡、仰吉八里、昌都刺或昌八里等名逐渐演变而来。《阅微草堂笔记》或《西域水道记》里却说昌吉一名系准噶尔语（蒙古语），是“场圃”的音译，它原是一条河的名称。
建制沿革
西汉时，本境属西域36国之一的车师国，后车师国分前部和后部，本境即属车师后部。
公元前102年，汉在西域设“使者校尉”时，汉军队便统治了这一地区。汉宣帝元康四年（公元前62年）在北庭（今吉木萨尔县）设戊己校尉，前后行政400余年。
公元3世纪初至6世纪中叶，境内先后为高车、柔然、突厥、西突厥铁勒部等部族游牧驻地。唐贞观十四年（公元640年），设庭州，辖金满、轮台、蒲类、西海四县，相当于今昌吉州的大部分地区。
武后长安二年（公元702年）设北庭大都护府，辖天山以北，巴尔喀什湖以南的广大地区，谱写出古西域史上最辉煌的篇章。
宋时，本境先后属吐蕃、回鹘汗国。
元宪宗初年（公元1229年），在本境设“尚书省”，后元国势颓败，西域各自为政，本境属察合台汗国。
1697年，清康熙灭噶尔丹部，本境随归清朝。乾隆二十七年（公元1762年），本境属伊犁将军管辖，后乾隆在迪化设镇迪道，辖本境大部，光绪十年（公元1884年），新疆建省，昌吉州大部归迪化府。
1954年7月8日成立昌吉回族自治区，辖昌吉、乌鲁木齐、米泉三县。
1955年3月11日改名为昌吉回族自治州，1958年将玛纳斯、呼图壁、奇台、吉木萨尔、阜康、木垒等县划入本州管辖。
1959年将乌鲁木齐县划归乌鲁木齐。
1983年后，昌吉市、阜康县、米泉县相继建市。
2007年，《自治区人民政府关于调整昌吉回族自治州与乌鲁木齐市行政区划的通知》：根据《国务院关于同意新疆维吾尔自治区调整昌吉回族自治州与乌鲁木齐市行政区划的批复》精神，将昌吉回族自治州米泉市并入乌鲁木齐市，撤销米泉市和乌鲁木齐市东山区，设立乌鲁木齐市米东区。行政区划调整以后，乌鲁木齐市行政区域面积由10900.77平方千米增加到14216.3平方千米，昌吉回族自治州行政区域面积由76975.94平方千米减至73660.41平方千米。8月1日，米东区正式挂牌成立。
