新约时期的耶路撒冷教会有一个由“众使徒和众长老”组成的中心治理委员会，很可能是效法了七十人的犹太教公会的管理模式，后者的主要任务是维护犹太教的教义和礼仪等实践。早期教会是由上帝所拣选的众使徒建立的，同时也得到教会信众的承认。使徒保罗在其他一些使徒按立了长老，并由长老们来负责主理各城或各地区教会的工作。 许多学者觉得，新约中的长老就等于是教会的监督或主教。在耶路撒冷和其它城市的教会里，又有一些“被圣灵充满和智慧充足”的人被选立为执事，他们被众使徒委托照管教会的财务或别的日常的事务，从而好让使徒们腾出手来多多从事宣讲福音和祷告的圣工。教会的权柄源出于上帝，藉着众使徒授予本地教会的监督或长老，尔后又掌握在信众手中。 从属灵的角度看，早期教会采取了神治的治理模式，但在钱财一事的处理上，基层教育享有极大的自主性，也更为民主，她们根据教会领袖的意见或建议，自行作出决定。 在今天人们所熟知的教派中，教会治理最为接近新约模式的恐怕要算长老会了。本地的长老会有一包括牧师、负责教导人和管理的众长老组成的“执行理事会”，10这些长老们负责管理教会的宗教生活。基层的长老会里还有一个执事会，执事们11照管着教会的日常事务，包括供给穷人和有需求的人、管理饭食等。12基层长老会享受着自治权，但各个教会的长老们所构成的地区“教务评议会”负责审核该地区教会牧师的资格。长老会的全国总议会负责处理信经教义方面的重大问题和疑难，并协调整个教会的宣道、教育和出版等项目。13 基督亲自设立的使徒、先知、教师、牧师和传道五种不同职分，14长老会体制在理论和实践上所缺乏的是其中某些职分。不过，长老会的治理形态往往能在基层教会的自治和教派领袖监督管理之间找到一个很好的平衡点。 其它的教派，尤其是浸信会和多数独立教会，均采纳了公理会的管理制度。所有的权力都归属于基层的会众，并经由会众民主选举，产生执事管理委员会和招聘堂会牧师，通常有指定的理事专门负责教产的管理。 尽管这种形态的教会治理给予了基层教会成员极大的自由，但由于在教义上的争端、财务的纠纷或教牧关系方面出现的问题上缺乏有效的监督和协调，教会很有可能在这些情况下运转不灵或陷于瘫痪。这种教会体制不是使得作为上帝的仆人的牧师受到会众的支配，就是致使公众受到一个手段高强的牧师的左右，或只得忍受一个叫人不如意的牧师。若是没有一个祷告和谦卑的灵，解决上述问题的唯一补救方式便是你死我活的权力斗争、状告世俗法庭或弄得教会鸡犬不宁、乌烟瘴气，导致教会四分五裂。 另一种教会的治理模式是主教制，教会由某个大主教、监督主教或主教会议控制。在天主教教会里，罗马教廷的体制赋予教皇以绝对的权柄，教会的其他高级官员，如枢机主教、红衣主教和主教，都由教皇亲自任命。这种较为专断的教会治理形态在维护其历史的延续性、调动与协调其人力、物力的资源、把握住教义的纯洁性和圣职人员的行为尺度一事上，明显具有优势。由于这种教阶制的教会治理模式强调权力的高度集中，其运作在很大程度上取决于领袖的个人素质。在好的教会领袖的带动下，教会的属灵光景会蒸蒸日上，攀登新的高峰；而不好的教会领袖则很容易致使教会走向腐败和堕落。
