契约理论的联系与统一
1997年Salanie指出，不完全契约理论是建立在以Coase和Williamson创立的交易成本理论上，是模型化了的交易成本理论。Hart同他的合作者的重要贡献在于解释了交易成本是从哪里产生的，什么东西决定了交易成本？Hart明确提出交易成本的来源就是契约的不完全性，并且在完善交易成本理论的基础上提出了著名的产权观点，基于产权观点解释契约的不完全性。交易成本理论的创始人Williamson也将Grossman和Hart等人创立的所有权概念融入交易成本的理论核心，如Williamson认可了不完全契约理论对交易成本理论中的垂直一体化做出的贡献。
1999年Maskin和Tirole提出了不相关定理，其内容实质是发现了在不完全契约条件下也可以设计出完全契约，使得完全契约与不完全契约的对立开始趋于缓和。与此同时2002年Laffont和Martimore指出激励理论框架的第一部分以委托代理理论模型为基础分析了三种类型的激励问题：逆向选择、道德风险以及不可验证性，第三部分是研究在不完全契约的动态框架下，引入完备贝叶斯均衡分析不完全契约下的资源配置问题。
正如前文指出的那样，契约理论的三个分支分别解释了契约的不同领域，不存在孰优孰劣的问题，更不存在谁代替谁的问题。契约理论的研究人员在比较不同的分支时十分注意这个问题，如1991年Williamson指出虽然不同的契约分支之间存在明显的不同，但可以将之看做是相互补充的。再如在2002年Brousseau和Fares在比较交易成本理论于不完全契约时，特别指出，“我们应该表明这两种理论之间的相容性和不相容性，并不说明它们之间存在优劣。”1999年Tirole在比较分析完全契约理论和不完全契约理论时，也强调完全契约理论虽不能解释权威和产权，但不能说不完全契约理论就代替了完全契约理论，因为完全契约理论在解释控制权的分配以及共同决策过程等方面具有很强的解释力。
正因为如此，契约理论三个分支的研究学者开始结合不同的契约理论来研究具体的经济实践活动，如1994年Holmsrtom和Milgrom在探讨企业的内部治理时，就结合运用了激励理论、不完全契约理论和交易成本理论来解释现实现象。在统一契约理论方面，Williamson做出了重要的贡献。1994年Williamson提出了统一这些新的契约研究方法的设想，并设想会产生一个统一的企业、市场和混合组织形式的组织理论（但有待时间证明）。
2002年Williamson又将完全契约理论、不完全契约理论以及交易成本理论划入私人秩序（privateordering）的稍小一点的范围内，完全契约理论（机制设计理论）和不完全契约理论主要讨论前端激励安排问题，而交易成本理论主要研究契约的实施问题（后端问题）。
契约理论分支在挑战与争论中不断趋于融合
虽然契约理论不同分支之间在一些主要的观点上还存在着较大的差异，但是在一些领域，契约理论分支已经表现出相当明显的融合趋势：
1.公司治理领域。
公司治理的问题最早由Berle和Means在1932年提出：由于所有权高度分散，以至于这些公司的管理者并不真正对公司的股东负责，这些管理者实际上已成为公司的实际控制者。1976年Jensen和Meckling用委托代理理论对Berle和Means问题重新展开了分析，发现了所有者与管理者在目标不一致情况下存在的代理冲突，如管理者的在职消费等。陆续有学者验证了Jensen和Meckling结论的正确性，即外部股权的增加与基于管理者的代理成本成正比关系，如2000年Ang,Cole和Lin发现了外部股权比例与代理成本成正比关系（相对于内部人管理企业）；Shleifer和Vishny、LaPorta等人发现美国以外国家与发展中国家的股权是集中的，并且在形成控股股东后，所有者与管理者出现重合化趋势，公司治理最主要冲突已由所有者与管理者之间的代理冲突演化为所有者之间，即控股股东与外部中小股东之间的代理冲突。控股股东主要利用契约的不完全性，通过将一部分公司资源转移到己方手中对契约的其他方进行剥削。1999年Muller和Warneryd指出，若企业内契约不完全，管理者会花费企业资源去扩大其在剩余分配中的比例，从而导致企业出现福利损失，而外部股权不但扩大这一损失，形成代理问题，甚至还会形成其他的代理冲突。
2.实证研究领域。
交易成本理论注重借助实证研究的工具，如2002年Lyons通过对英国制造业制造程序契约的调查，发现契约方对不确定性的反应既不是签订更繁琐的契约（代理理论与机制设计理论），也不是风险中立地选择使用一个特定质量与专用性作为再谈判基础（不完全契约理论），而是签订很少内容的契约。其原因是不完全契约主要是一次性契约，而没有考虑企业间因为存在长期合作关系而导致专用性投资的形成。针对交易成本理论对不完全契约理论的“提醒式”批评，不完全契约学者也意识到了，仅仅依靠数学公式的严格推导与逻辑证明，难以准确解释充满复杂性的“不完全”的现实。因而部分不完全契约学者也开始逐步转向实证研究，如2002年Rahman开始运用不完全契约理论实证检验了不完全的财务契约是公司治理（包括信息披露）的重要决定因素。2001年Bolton和Rosenthal以美国1819年经济恐慌（该次恐慌导致了棉花价格的大幅下降）为实证研究基础，指出政府对不完全债务契约的干预（允许对土地相关债务的延期支付），具有效率提升的作用。不完全契约理论若得到更多的实证研究的结果支持，对契约理论分支的整合无疑将起到巨大的促进作用。
