在菌种分离、提纯或转管扩大培养中,若受链孢霉菌污染后,其灰白色、疏松棉絮状的气生菌丝很快就可长满整个培养皿或试管斜面上的空间,并很快就大量形成链状串生的分生孢子,使菌落呈淡红色粉状。在原种或栽培种生产过程中受链孢霉菌污染后,其灰白色的菌丝在培养料内扩展迅速,向下生长可到瓶袋底部,向上扩展可到棉塞上,并很快在棉塞外面形成肉红色至红色的分生孢子堆,厚度可达1厘米左右,并将整个瓶袋口包围而看不到棉花,稍触动或震动,其分生孢子就像撒粉一样扩散。菌种瓶袋内的菌丝由灰白色转变成黄白色。它与生长速度很快的毛霉菌相比较,链孢霉的菌丝纤细,生长致密,颜色较白,而毛霉菌的菌丝粗壮,稀疏,分枝较少,颜色为灰白色。与绿霉菌污染相比,前期相似,但不久绿霉菌就会出现淡绿色的分生孢子,且绿霉菌的气生菌丝较少,在菌种瓶袋中,一般不长到棉塞上面。
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