石器前期，萨尔图区位于昂昂溪文化广布的松嫩平原中部，
唐虞及三代（夏、商、周）属肃慎、秽貊之地。
秦、西汉时期，属秽貊之地。
东汉、三国时期，属北夫馀。
两晋时期，属夫馀。
后魏北齐时期，属勿吉北境。
隋唐时期，属靺鞨黑水部。
辽代，属东京道长春州。
金代属上京路肇州。
元代，属斡赤斤分地。一说属成吉思汗二弟哈布图哈萨尔的封地。
明代，属奴儿干都司朵颜卫。
清代，属内蒙哲里木盟杜尔伯特旗固山贝子游牧地。
清光绪二十三年（1897年8月28日），东清铁路破土动工，光绪二十九年，东清铁路全线竣工，正式通车。自此东清铁路沿线地区被沙俄帝国称为“中东铁路附属地”。
由于沙皇俄国沿东清（中东）铁路线霸占大片土地作为“附属地”，各车站均设俄人行政机构，派兵驻守，进行殖民统治。清光绪三十二年（1906年）2月，设安达厅。萨尔图改为安达厅第二区管辖。
民国二年（1913）一月二十三日，安达厅改为安达县，属黑龙江省公署，萨尔图改为安达县西乡管辖。
民国三年（1914）八月，黑龙江省下设三道，安达县属龙江道（道尹公署驻齐齐哈尔）。”萨尔图仍归安达县所属。
民国六年（1917），萨尔
图火车站和所属街道归东省特别区管辖。一九一七年俄国十月革命成功后，将东清铁路改为中国东省铁路，简称中东铁路，或东省铁路；将东清铁路局沿线改为东省特别区，并于一九二三年三月一日设立了东省特别区行政长官公署。
伪满康德元年（1934）十一月一日，萨尔图站及街道隶属北满特别区管辖。
伪满康德三年（1936）一月，撤销北满特别区。北满铁路沿线各车站归所在市、县管辖。萨尔图为安达县第七区。区公所设在今萨尔图大街西侧轻工局家属楼（当时区公所、警察分驻所、协和会都在一个大院内）处。
伪满康德四年
（1937），原七区改为兴仁村，村公所设在原区公所处，属安达县第二区管辖。
1946月3月，萨尔图解放，改为安达县第三区。区政府设在萨尔图原伪满兴仁村村公所处。
1945年3月，安达县第三区划分为两乡一镇：三发乡（乡址在今萨尔图区二小学对面原三区政府处）、三新乡（在让胡路四新）、萨尔图镇（镇址于今五金商店处）。
1958年1月，安达县乡镇合并，将三新乡并入三发乡。同年九月上旬将萨尔图镇、三发乡与红色草原牧场合并为红色草原人民公社。社址设在萨尔图今牧工商联合公司前院。
1960年4月29日，国务院决定撤销安达县，建立安达市。
1960年12月7日，黑龙江省人委决定撤销红色草原人民公社，成立安达市萨尔图区。区政府设在萨尔图
铁路南 （习惯叫铁西）约半公里处原红色草原人民公社社址。
1965月，取消萨尔图区的建置，成立安达特区（对外仍沿用安达市名称）。
1966年“文革”后，特区政府被“造反派”砸烂。 一九六八年十一月，在萨尔图筹建红旗镇，位于原特区地址。
1969年3月，正式成立红旗镇。镇革命委员会设在今天桥北建设银行处，归大庆革命委员会领导。
1978年四月，正式成立大庆萨尔图区。
1980年4月，成立大庆市萨尔图区人民政府。
