从中国西汉汉武帝时，吉尔吉斯大部分首次纳入中国版图。汉武帝又命李广利于前104年（太初元年）、三年两伐大宛（在今中亚费尔干纳盆地），使西域的许多城国相继臣服于汉。
前102年（太初三年）战胜大宛后，西汉朝廷在轮台（今新疆轮台东）、渠犁（今新疆库尔勒西南）置使者、校尉，这是西汉政府在西域设置行政机构之始。后又设置伊循都尉、护鄯善以西使者。
公元前59年（神爵三年），因匈奴内争，其主管西域的日逐王先贤掸率万余众降汉，汉使护鄯善以西使者郑吉迎之，匈奴在西域的统治力量随之瓦解。于是汉廷使护鄯善以西南道诸地的郑吉“并护（车师以西）北道，故号曰都护”。西域都护是西汉政府在西域设置的最高军政机构，治乌垒城（今新疆轮台东北），“镇抚诸国，诛伐怀集之”，并“督察乌孙（在今新疆伊犁河流域）、康居（在今哈萨克斯坦境内巴尔喀什湖与咸海之间）诸外国动静，有变以闻 ，可安辑安辑之，可击击之”。起初负责“护西域三十六国”，后来扩大统治范围，“最凡国五十”，西至今巴尔喀什湖以东、以南的乌孙，今铂尔河上游的大宛，今帕米尔地区的无雷，今阿赖谷地的休循等国，都受其管辖。“汉之号令班西域矣”，西域正式纳入了西汉王朝的版图，直到西晋时期突厥人占领该地区。
唐朝吉尔吉斯斯坦再次纳入中国版图，640年（唐朝贞观十四年）置治所西（今新疆吐鲁番东高昌故城），统安西四镇，龟兹、疏勒、于阗、碎叶（今吉尔吉斯斯坦的托克马克），辖境相当今新疆及哈萨克东部、吉尔吉斯北部楚河流域。
自656年（显庆元年）至664年（麟德元年），这期间，是武则天为皇后辅佐高宗到垂帘听政阶段。657年，唐高宗发大军分南北两道进攻西突厥，一举灭掉了西突厥，西突厥领土全部为唐所有。661-663年（显庆、龙朔年间），唐军平定西突厥，辖区扩大至今阿尔泰山西至咸海及葱岭的东西各部直至阿姆河两岸城的诸城邦国包括今吉尔吉斯斯坦大部分。
670年（唐朝咸亨元年），安西都护府治所移至碎叶城。唐朝前中期，在中亚的领土一直延伸到中亚的咸海。设立安西都护府管辖，都护府下面设都督府，都督府下面设州。安西都护府管辖地域包括哈萨克斯坦东部、塔吉克斯坦大部、吉尔吉斯斯坦全部、阿富汗斯坦、伊朗等国的部分地区。
元朝时为蒙古族察合台汗国地，15世纪后半叶吉尔吉斯民族基本形成。16世纪受沙俄压迫，自中亚的叶尼塞河上游迁居至此。清朝时再次纳入中国版图，东部和南部大部分地区属于中国新疆，西部属于中国清朝藩属国浩罕汗国。
1864年10月7日，俄国强迫清政府签订《中俄勘分西北边记》强行割让新疆西部44万平方公里领土，其中就包括原来的中国领土，现今吉尔吉斯斯坦的大部分土地，1876年被沙俄强占；1876年清朝藩属国浩罕汗国被沙俄吞并，至此，原来的中国领土、吉尔吉斯全部土地被沙皇俄国吞并。
1917年11月—1918年6月建立苏维埃政权。根据中亚民族国家的划分，1924年10月14日成为俄罗斯联邦的一个自治州，名为卡拉－吉尔吉斯自治州。
1925年5月25日称吉尔吉斯自治州。
1926年2月1日改为吉尔吉斯苏维埃社会主义自治共和国。
1936年12月5日成立吉尔吉斯苏维埃社会主义共和国，加入苏联。
1991年8月31日通过国家独立宣言，宣布独立，改国名为吉尔吉斯共和国，并于同年12月21日加入独联体。
2005年3月，因民众不满前总统阿卡耶夫选举舞弊，吉尔吉斯斯坦发生了名为“黄色革命”的政变，阿卡耶夫下台后政变结束。
2010年4月，发生了吉尔吉斯斯坦骚乱事件，共造成77人死亡，977人受伤。
2015年8月12日，吉尔吉斯斯坦正式加入欧亚经济联盟。
2015年10月28日，当选联合国人权理事会成员，任期自2016年至2018年。
