1、最大剂量原则（特别是内服抗菌消炎药）
2、保期施药原则（一般内服药5-7天，防止疾病反弹）。对渔用药物而言，投药期间较短的为3天，较长的为10天左右。在美国，采用磺胺类药物治疗水生动物疾病的投药期间为患病水生动物的死亡停止后继续投药10天；而在日本，将所有水产医药品的投药期间都规定在5-7天以内，并且在药物使用说明书中特别注明不能连续投药8天以上。
3、巩固治疗原则（增强鱼体自身抗病力、免疫力）。鱼类只要能够保持其正常的生长速度和正常的生理状态，鱼体自身具有一定的抗病和抗逆境的能力，一般情况下不会发生大规模的疾病。只有在自身生理状态难以维持环境因素的变化，超过自身可以调整适应的范围后，才会发生疾病，也才会有大规模疾病的发生。水产动物机体免疫力下降，阴阳失衡将导致多种疾病的发生，免疫功能紊乱从而导致其体内各种疾病的多发难治性。如果能够从根本上调整心、肝、肾阴阳平衡，亦即机体免疫平衡，就能达到真正治疗疾病的效果。一般而言，水产养殖动物所患的传染性疾病，经病理学研究证实，大多为肝、肾功能受损，导致功能失调。
4、中、西结合使用原则。中药治本，西药治标。
5、药物交替使用原则。防止耐药性、抗药性，是药三分毒，建议预防时少用原粉药。
6、定期以防为主，以治为辅的原则。彻底清塘消毒，定期外用、内服杀虫药有效防治小瓜虫和孢子虫等。鱼池经长期养鱼，池底淤泥过多，如不清理，有机物耗氧量将增大，高温季节极易因缺氧而泛塘；淤泥中的营养物质不仅是细菌的培养基，而且是寄生虫及虫卵的避难所。草料、食物残渣等有机物在缺氧条件下，会产生大量有机酸、氨和硫化氢等，使水质酸化，抑制了鱼类生长，削弱其抗病能力，使其易患鱼病。
7、综合性疾病，采取综合治疗方案。暴发性出血病发病原因及“五步”治疗方案，草鱼老四病：肠炎、赤皮、烂鳃、出血。草鱼新三病：细菌性综合症、肝胆综合症、草鱼出血病。
8、注意杀虫药物的用法。一般在上午9点---11点使用，便于观察和采取措施（白鲢最敏感）；很多杀虫药物与温度呈反比，特别是溴氢菊酯，温度越低，毒性越强。春季杀虫效果好，冬季一般不杀虫。注意硫酸铜、硫酸亚铁使用技巧。
