秦始皇帝二十六年（前221年）统一六国后，区境属广阳郡蓟县。
西汉属燕国蓟县。东汉末，属幽州广阳郡蓟县。
隋大业初，改幽州为涿郡，区境属涿郡蓟县。
唐武德元年（618年），涿郡复名幽州，区境属幽州蓟县。
辽（契丹）会同元年（938年），改幽州为幽都府，建号南京，并定为辽代的陪都。改蓟县为蓟北县。区境位于南京城之东郊，属蓟北县。开泰元年（1012年）改南京为燕京，改幽都府为析津府，改蓟北县为析津县。区境属析津县。宋宣和四年（1122年）置燕山府路燕山府，区境为燕山府析津县地。金贞元元年（1153年），迁都至燕京，改燕京为中都，改析津府为大兴府，改析津县为大兴县，区境为大兴府大兴县地。
元代在金中都的东北郊营建新城名大都。至元二十一年（1284年）置大都路总管府。区境属大都路大兴县地。
明洪武元年（1368年）改大都路为北平府。永乐元年（1403年）改北平府为顺天府，名北京。永乐十九年（1421年）迁都北京。嘉靖三十二年（1553年），增建外城垣，区境大部分圈人外城之内，属顺天府大兴县管辖。明代北京内外城分设若干“坊”，境内有正东坊、崇北坊、崇南坊。
清顺治元年（1644年）在北京外城设中、东、西、南、北五城。境内有东城、南城全部和中城的东半部。光绪三十一年（1905年）北京内外城分设巡警总厅，并将内外城改划为几十个警区。外城设20个警区，后并为10个警区，境内有外左一区至外左五区及外右五区东部。
辛亥革命后，1914年原顺天府改置京兆地方。区境属京兆地方大兴县管辖。
1928年废京兆地方，北京改名北平，划为特别市，后又改为北平市。行政区划包括内城6个区，外城5个区，郊区4个区。区境归北平市管辖，不再属大兴县。境域为外一区、外三区全部，外五区东半部及东郊区、南郊区各一部分。日本侵略者占领时期，日伪将北平改为北京。
1945年抗战胜利后，恢复北平名称，并将北平东、西、南、北四个郊区，划为八个郊区。区境为北平市的第八区（外一区）和第十区（外三区）全部、第十二区（外五区）东部，及郊二区和郊三区各一部分。
1949年1月31日，北平和平解放。9月，北平改称北京。解放初，城区划分为12个区，外城包括八、九、十、十一、十二5个区。境内有第八区（外一区）、第十区（外三区）全部及第十二区（外五区）的东半部。
1950年5月，城区区划调整，12个区合并成9个区，外城有第六、七、八、九4个区。原第八区与原第九区合并，成为第六区，第十区改称第七区，第十二区改称第九区。区境包括第七区全部及第六区第九区的东半部。第七区北界为崇文门和以东的城墙，外城的东城墙是其东界，南界是左安门和其东西城墙，西界北段以崇文门外大街为界，西与第六区为邻，南段以磁器口、红桥、天坛东坛墙为界与新第九区相望。
1952年9月，第七区更名为崇文区。第九区建制撤销，其东半部划入崇文区。区界东、北和西界北段及南界东段不变，西界南段则伸展到东珠市口以南至永定门一线，南界西段延至永定门外关厢及其以东之城墙。
1955年8月，北京市人民委员会（简称市人委）将原东郊区管辖的广渠门关厢，福州义园北墙外土道北和东便门外大桥以东一带划归崇文区。是月，经市人委批准，南苑区杨家园乡12个自然村划归崇文区。
1957年10月，彭庄（永定门火车站）地区划归崇文区。区界北、西不变，其南界推至东起刘家窑、沙子口，西至北京南站一线。
1958年6月，市人委撤销前门区（原第六区）建制，该区东半部，从前门向南，沿前门大街西侧至珠市口以东，划归崇文区。
2010年，国务院正式批复了北京市政府关于调整首都功能核心区行政区划的请示，同意撤销北京市崇文区、东城区，设立新的东城区，以原崇文区、东城区的行政区域为新的东城区的行政区域。崇文区成为历史。
