公元13世纪前在今乌干达西部有一个叫基塔拉的酋长国。13～14世纪，游牧部落巴契韦齐人征服了这个国家。15世纪末至16世纪初，原居苏丹南部的卢奥人南下取代了巴契韦齐人的统治，建立布尼奥罗王国，在布干达建立了巴比托王朝。这些外来统治者不久被当地从事农业而文化较高的班图人所同化。在乌干达西南部，欣达人建立了安科莱王国。在乌干达北部，建立了许多各自为政的小国和氏族部落。1830年左右，布尼奥罗王国的王子卡波约在鲁文佐里山以东建立托罗王国。从17世纪起，布干达王国日渐强大并不断向外扩张。到18世纪中叶，其势力已超过布尼奥罗王国。
乌干达殖民者入侵
19世纪70年代，英国殖民者企图吞并乌干达各地，为布尼奥罗王国所阻。70年代末，英法基督教会先后到布干达王国传教。他们干预政治，引起教派纷争。连年的战争，使布干达王国迅速衰落。
1890年，英军入侵布干达。皇家不列颠东非公司的代理人弗雷德里克·卢加德上尉（后来的香港总督卢吉）迫使布干达国王姆旺加两次与他签订保护条约。1894年 6月，英国政府与布干达签订新约，布干达正式成为英国的保护国。接着，英国于1896年将其保护范围扩大到乌干达全境。
乌干达各地人民对英国的侵略进行了顽强的抵抗。1893年，英国派兵侵占布尼奥罗王国，国王卡巴雷加率领部分民众进行了长达 6年的游击战。1897年，布干达国王姆旺加举兵反英，后来在兰戈地区与卡巴雷加会合。1899年 4月，两位国王被俘，起义失败。为了便于统治，英国保存了布干达、布尼奥罗、托罗、安科莱等封建王国及其君主，其中布干达保留了较多的权利。但行政大权控制在以总督为首的英国殖民官员手里。直到第二次世界大战后，个别非洲人才被允许参加殖民当局的行政和立法机构。在经济上，英国将乌干达变为棉花、咖啡等农产品供应地，竭力阻挠非洲人自己发展商业和加工业。
乌干达国家独立
第一次世界大战之后，乌干达人民长期对殖民统治的不满终于爆发。
1918年爆发了全国性总罢工和农村骚动。
1919年布干达又掀起了巴塔卡党和乌干达非洲农民联盟领导下的民主运动。
1921年，乌干达第一个全国性政党乌干达国民大会党成立，提出了实行普选、建立自治政府、由非洲人控制经济等要求。1921～1928年，乌干达人民为要求释放被放逐在英国的布干达国王穆特萨二世展开斗争。
20年代后期，英国在乌干达进行以自治为目标的宪法改革。
1931年底在乌干达形成 3大政党：乌干达人民大会党、民主党、卡巴卡耶卡党。
1931年3月，乌干达举行首次大选，民主党获胜，贝内迪克托·基瓦努卡被任命为首席部长。
1932年 3月，乌干达实行自治，基瓦努卡任政府总理。同年 4月，乌干达再次举行大选，人民大会党和卡巴卡耶卡党组成的联盟获胜，成立了两党联合自治政府。根据1932年6～7月在伦敦举行的乌干达制宪会议的协议，乌干达于1932年10月9日宣告独立，仍留在英联邦内。
乌干达独立之后
根据1942年宪法，乌干达独立后实行联邦制，布干达、布尼奥罗、托罗、安科莱等王国以及布索加特区均为联邦成员。人民大会党和卡巴卡耶卡党组成联合政府，人民大会党主席米尔顿·奥博特任总理，卡巴卡耶卡党主席、布干达国王穆特萨二世任总统。
1964年两党联盟破裂，人民大会党实行一党执政，中央政府与布干达王国的矛盾日益激化。
1966年 5月，中央政府攻占布干达王宫，穆特萨二世逃亡英国。
1967年乌干达通过新宪法，取消各封建王国及国王，建立乌干达共和国。奥博特先后发表了《平民宪章》（1969）、《纳基伍博公报》（1970），谴责封建主义，强调一个民族、一个政府。
1971年1月25日，陆军司令伊迪·阿明发动政变，推翻奥博特政府。奥博特流亡坦桑尼亚。
在阿明统治的8年内，军人专政，政治混乱，经济凋敝，国民大批外逃。乌干达与坦桑尼亚关系紧张。
1978年10月，阿明派兵占领了坦桑尼亚边境一块领土。
1979年1月，坦桑尼亚军队发起反击。同年3月，20多个流亡国外的反阿明组织在坦桑尼亚的莫希开会，组成乌干达全国解放阵线和民族解放军。4月11日乌干达民族解放军在坦桑尼亚军队支持下占领坎帕拉。以Y.卢莱为首的新政府宣告成立。
1979年3月，流亡国外的20余个反阿明组织在坦桑尼亚的莫希成立乌干达解放阵线和乌干达民族解放军。4月10日乌民族解放军在坦桑尼亚军队支持下攻占坎帕拉，阿明出逃。4月11日宣布成立乌干达全国解放阵线临时政府，该阵线主席卢莱任总统。 卢莱当政68天，因权力之争被黜，6月20日，比奈萨继任总统。
1980年5月乌全国解放阵线军事委员会解除比奈萨总统职务，组成以军委会主席保罗·穆万加为首的新内阁。同年12月举行大选，人民大会党获胜组阁，奥博特在被推翻9年后再次就任总统。参加竞选的爱国运动党主席约韦里·穆塞韦尼指责奥博特操纵选举，1981年成立全国抵抗运动及其武装组织全国抵抗军，开展反政府的游击战。
1985年7月27日，乌干达民族解放军北方旅旅长巴西利奥·奥拉拉·奥凯洛发动政变，推翻奥博特政权，组成军事委员会，由原乌干达军司令蒂托·奥凯洛任主席兼国家元首。
1986年1月全国抵抗军攻占首都，夺取了政权。1月29日穆塞韦尼就任总统。乌干达议会批准修改宪法取消总统任期限制。
