《本草纲目》是一部综合本草著作。全书共分三大部分： （1）卷首部分 各朝代刊印《本草纲目》一书时，均附以各刊印者所作的序文及李时珍的儿子李建元为出版《本草纲目》写给朝廷的奏疏。 《本草纲目》一书编写的凡例，一共有十二条，概括了《本草纲目》的编写特点。 附图，有些版本将附图和文字结合在一起，但大多数的版本仍然附于卷首部分。 （2）卷1到卷4部分 历代本草著作的简单介绍，介绍了在本草发展史上有价值的41部本草著作。 在编著该书时所引证的一些古今书籍目录。 抄录了一些比较著名的医药书籍中有关药物的基本知识，如有关药剂的种类、用药的搭配和禁忌等。 小结了当时或当代一些药物名称的同异问题。 卷3、卷4为百病主治药，介绍了治疗各种疾病的主要药物种类。 （3）从卷5到卷52，为本书的中心内容。在这48卷中，将所有的药物分成了16个大部，12个大类。这16个大部是水、火、土、金石、草、木、谷、果、菜、服器、虫、鳞、介、禽、兽、人。其中属于植物部分的是草、木、果、菜、谷五部，从卷12开始到卷27结束。这五部分又分成30类。主要包括： 草部：有山草类、隰草类、石草类、水草类（按照生态环境来分）、蔓草类（按生长习性来分）、毒草类、芳草类（按含有物来分），苔类。 菜部：荤辛类、柔滑类、蓏菜类、水菜类、芝栭类。 木部：香木类、乔木类、灌木类、寓木类、苞木类、杂木类。 果部：五果类、山果类、蔬果类、夷果类、味果类、水果类、不入药之果类。 谷部：麻麦稻类、稷粟类、菽豆类、造酿类。 各论中，每药按10个项目加以论述。【释名】收集异名及出处，解释命名意义；【集解】集诸家本草关于药物产地、形状、鉴别、采收、栽培、药用历史的变迁与药物品种考证的记述；【正误】与【辨疑】辨前人记载的可疑处，纠正前人记述之谬误；【修治】述雷公炮炙及后世炮制法；【性味】注明药性，包括四气五味，有毒无毒，不同见解用小字注文；【主治】记载功效与主治；【发明】阐发诸家及时珍对药性理论的论述；【附方】引述与该药药效有关的方剂与制剂；【附录】有一些植物，还没有发现它们的确实疗效，但是它们和一些已知疗效的植物极为相似，并且预测将来是可以发现它们疗效的。李时珍就把其作为附录，附在与之极为相似的那些药物后面。根据我们统计附录共有213条，由李时珍增加的就有44条。这些都是极为宝贵的植物学史料。
