其主动运输的选择性表现在以下三个方面: (1)对运输颗粒大小的限制;主动运输的功能直径比被动运输大,约10~20nm,甚至可达26nm,像核糖体亚单位那样大的RNP颗粒也可以通过核孔复合体从核内运输到细胞质中,表明核孔复合体的有效直径的大小是可被调节的; (2)通过核孔复合体的主动运输是一个信号识别与载体介导的过程,需要消耗ATP能量,并表现出饱和动力学特征; (3)通过核孔复合体的主动运输具有双向性,即核输入与核输出,它既能把复制、转录、染色体构建和核糖体亚单位装配等所需要的各种因子如DNA聚合酶、RNA聚合酶、组蛋白、核糖体蛋白等运输到核内,同时又能将翻译所需的RNA.装配好的核糖体亚单位从核内运送到细胞质。有些蛋白质或RNA分子甚至两次或多次穿越核孔复合体,如核糖体蛋白、snRNA等。
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