在人体机能良好的情况下，溶组织内阿米巴小滋养体通常在肠腔内生活，不断增殖形成包囊，多数人成为无症状的带虫者，仅有5%～15%的人成为患者。当人体全身或局部抵抗力降低时，小滋养体侵入肠壁，转变为大滋养体，大滋养体借其伪足的运动及其所含的溶组织酶的活性，使肠壁组织溶解破坏，并不断向纵深发展，形成许多局限性小囊肿，囊肿破溃后排出粘液、脓血及大滋养体等内容物，形成口小底大的烧瓶样溃疡，临床上则出现痢疾症状，表现为腹痛，腹泻，排酱红色脓血粘液便，气味腥臭。慢性患者常有轻微的腹痛、腹胀，腹泻与便秘交替出现，可在稀便中查见小滋养体。 其病变部位主要位于盲肠和升结肠，其次为直肠与乙状结肠，严重时可累及整段大肠和末端回肠。溃疡与溃疡之间的肠粘膜多属正常。溃疡累及血管可引起出血，累及深层组织可导致穿孔。慢性病例由于组织破坏与修复同时存在，使肠壁增厚，可造成肠腔狭窄。 在肠粘膜下层或肌层的大滋养体，可侵入静脉，随血流至肝、肺、脑等部位寄生繁殖，引起相应部位的阿米巴囊肿。其中，以肝囊肿最为常见，肺囊肿多继发于肝囊肿，其他部位的感染则罕见。
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