民国25年(1936年)，西湖博物馆施昕更在良渚镇首先发现，并编写出版《良渚》一书。1955年，浙江省文物管理委员会在良渚镇附近的朱村发掘出一大批黑衣陶；1956年对吴兴钱山漾遗址进行发掘，在地层学上取得了突破。1959年考古学家夏鼐在长江文物考古队长会议上，正式提出“良渚文化”的命名，经碳14测定，距今约4000-5000年左右。这是我国长江下游太湖流域新石器时代晚期的一支重要的古文化。60年代在吴兴邱城，杭州水田畈，上海青浦县崧泽、马桥，松江富林，江苏越城，吴江梅堰等处发掘，证明良渚文化主要分布于长江下游、太湖流域，向东延伸到东海之滨，西北至江苏镇江、常州一带。良渚文化是马家浜文化经过崧泽文化发展而来。良渚文化的特征是一种以稻作为主的原始文化，当时的生产工具主要是磨制精致的石斧、石钺、石锛、石凿、石镰、石犁、破土器等，农业已相当发达，以种植水稻为主，水稻的栽培已从耜耕发展到犁耕，渔猎为辅，且兼植桑麻，养蚕，髹漆，制玉，水上交通也较为发达。生活用器早期以泥质灰陶为主，晚期盛行黑皮陶，采用轮制工艺，器表或打磨光亮，或刻装饰花纹，主要器物有鼎、壶、罐、豆等，尤以鱼鳍形、圆锥形、丁字形足的夹砂陶鼎、贯耳壶和竹节形镂孔黑皮陶豆最具特征。玉器制作技术达到极高水平，器形种类繁多，创中国古代玉文化之先河。良渚文化晚期正处于原始社会向阶级社会过渡阶段，对研究中华文明具有极重要的价值。
80年代中期，在瓶窑反山发掘出良渚文化大墓11座，出土随葬晶1226件(组)，是当时显贵者的专用墓地。随葬品丰富精美，众多的精雕细刻玉器珍品，更属空前，为世人瞩目。玉器分礼仪用玉，主要有琮、璧、钺等，佩挂装饰用玉，如环、管、坠、珠、带钩及三叉形、冠形器、牌饰等，器表均经打磨抛光，有的采用浅浮雕、半园雕或透雕而成繁简各异的纹饰，构图严谨，和谐对称，寓意深奥。12号墓中出土6．5公斤的“琮王”，四面正中直槽上下各微雕有一个神人与兽面复合像，其头戴羽冠，双手叉腰，下肢屈曲作蹲踞状，图像威武庄严，线条纤细如毫发，是良渚先民崇拜的“神徽”。后又在安溪镇瑶山，发现良渚文化大墓12座和祭坛一座，出土珍贵文物1052件(组)。祭坛遗迹处于瑶山顶上，平面略呈方形，边长约20米，系由红土台、灰土围沟和石坎等组成。在祭坛南北部发现二列呈南北向的长方形竖穴土坑墓12座，分别打破红土台、灰土围沟和砾石面，证明它是祭坛废弃后，被用作民族公共墓地。随葬品基本可分陶器、漆器、石器和玉器4类，其中玉器占90％以上，尤以各种礼仪和佩挂装饰用玉称著，器类和繁简不一的神人兽面像，基本与反山良渚文化墓地出土物相同。其中玉龙首形镯和璜、朱漆嵌玉高柄杯等，为世所罕见。瑶山祭坛是良渚先民祈福禳灾的圣地，而墓地则是显贵或巫觋的葬处。
1981年4月，浙江省人民政府公布该遗址为省级文物保护单位。
