加强通风，控制种植密度，浇水避免淋浇，浇水后通风。及时清理凋谢衰老的组织，避免出现伤口。用烟剂和交替使用药剂。喷雾后及时通风散湿。发病初期，喷施50%速克灵1000倍液或多菌灵500~1000倍液、百菌清700-800倍液、50%甲基托布津500~600倍液，还可用熏灵烟剂。
炭疽病
秋末冬初，将圃地内的病株残体集中烧毁；生长期内发现病叶、病花及时摘除处理。发病初期喷洒80%代森锌可湿性粉剂500~800倍液或75%百菌清可湿性粉剂600~800倍液、60%炭疽福美800~1000倍液、50%多菌灵500~600倍液。
碎色病（病毒病、花叶病）
主要以蚜虫传毒。防治蚜虫用50%抗蚜威可湿性粉剂3000倍液和2.5%鱼藤精乳油800~1000倍液喷雾防治，交替使用3~4次，隔7-10天喷施1次。对初发病的植株，用1.5%植病灵乳剂700倍液或5%菌毒清水剂200倍液，隔7~10天1次，连用3~4次，前密后疏。
叶斑病
清除病残体，集中烧毁。用53.8%可杀得2000干悬浮剂1000倍液或47%加瑞农可湿性粉剂700倍液、30%氧氯化铜悬浮剂600倍液、27%铜高尚悬浮剂600倍液、50%甲基硫菌灵·硫磺悬浮剂800倍液喷雾防治。
轮纹病
清除落叶烧毁。进入雨季用27%铜高尚悬浮剂600倍液或47%加瑞农可湿性粉剂1000倍液、抗枯宁800~1000倍液、50%甲基托布津800倍液喷雾防治。严重时用50%扑海因可湿性粉剂l000倍液或75%百菌清可湿性粉剂600倍液、70%代森锌锰、80%喷克可湿性粉剂500倍液喷雾防治，隔10天喷1次，连用2-3次。
褐斑病
新叶展开时，用0.5%波尔多液加黏着剂，隔10~15天1次，或用50%多霉灵可湿性粉剂l000倍液、40%百菌清悬浮剂500倍液、50%甲基硫菌灵·硫磺悬浮剂800倍液、50%杀菌王（氯溴异氰脲酸）水溶性粉剂2000倍液喷雾防治。
疮痂病
用50%多菌灵胶悬剂1000倍液或70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液喷雾防治。
曲顶病
发现病株拔除烧毁。防止叶蝉，消灭菟丝子。
腐烂病
病原菌为尖镰孢。发现病株，挖出烧毁，将病穴更换新土，或用0.1%甲醛进行土壤消毒。发病初期，用50%克菌丹可湿性粉剂500倍液或70%甲基托布津1500倍液、75%百菌清600倍液、0.5%波尔多液喷雾防治。
锈病
用75%氧化萎秀灵3000倍液或25%粉锈宁1500~2500倍液、65%代森锌600倍液喷雾预防。发病初期用50%多菌灵或50%甲基托布津500~600倍液、75%百菌清600~800倍液喷雾防治。发病后用97%敌锈钠250~300倍液加0.1%洗衣粉，隔12~15天喷1次，连用2-3次。
幼苗立枯病
用立枯灵、甲羟异恶唑或克菌丹浇灌。
螨
用乙酯杀螨醇喷洒。
红蜘蛛
用40%Z氯杀螨醇乳油1000~1500倍液或艾美乐20000倍液、阿克泰10000倍液、吾特3000~5000倍液喷杀。
蚜虫
用40%氧化乐果或香烟头5g加水75ml浸24小时后喷杀；或用3%天然除虫菊酯、25%鱼藤精、溴氰菊酯200倍液或用洗衣粉溶液加食用油数滴喷雾，也可用啶虫咪5000倍液、阿维啶虫1500倍液。
金龟子
幼虫（蛴螬）用米乐尔颗粒施入土壤内或撒施，或用40%氧化乐果1000倍液、50%速灭威粉剂500倍液、50%辛硫磷乳油加1000~1500倍液泼浇受害植株根际，如对23cm（7寸）盆，每次用药液100~200ml。
线虫
用7051杀虫素（阿维菌素aver-mectins）2000~3000倍液或用米乐尔颗粒剂施入土壤。
蜗牛
用密达或梅塔撒施或人工清除。
蛞蝓
用8%灭蜗灵颗粒或6%米达杀螺颗粒撒在盆栽植株附近土面上。也可用3%石灰水或氨水100倍液喷在植株上防治。再者，三色堇的病、虫害还有凤仙花白粉病、立枯病、缺镁症、缺锰症、缺铁症、茄廿八星瓢虫、短额负蝗、蓟马等危害。
