苗期最常见而严重发生的是猝倒病，症状有出土前的种子腐烂，以及出土后的顶腐、立枯、猝倒等类型。马尾松苗期的松苗叶枯病有时也为害严重。叶部病害常见的有松针锈病、松落针病及马尾松赤枯病。后两种多发生在立地较差，土壤瘠薄，生长不良的林分。干部病害有疱锈病和五针松疱锈病，是世界重要的森林病害，在欧洲、北美曾毁掉大量五针松林；中国东北地区的红松人工幼林也受害严重。马尾松、黄山松在窝风、高湿、多栎树的林分，则有松瘤锈病发生；松根白腐病也颇为常见。
虫害
松毛虫是松树最主要的食叶害虫，常造成极大的损失。松茸针毒蛾主要危害马尾松与油松，在广西常与马尾松毛虫混同发生，能猖獗成灾。松针小卷蛾、大袋蛾等的幼虫也为害严重。新松叶蜂在不同分布区间歇性成灾。微红梢斑螟几乎遍布全国，是钻蛀主梢的最主要害虫，使侧枝丛生或因更替主梢而树干弯曲。松梢小卷蛾，也能使主梢受害枯萎。球果螟为害球果。针叶树天牛和小蠹是钻蛀为害枝、干的大害虫，可使松树成片死亡，但一般不侵害健康木。华山松大小蠹侵害健康的华山松，能猖獗成灾。松十二齿小蠹、落叶松八齿小蠹和云杉八齿小蠹也能侵害健康木。松干蚧是一类刺吸为害枝干的毁灭性害虫。防治时应贯彻适地适树、合理混交、良好的抚育管理等以营林措施为主的原则，必要时可辅以药剂防治。
松材线虫，1982年在南京中山陵首次发现，以后相继在江苏、安徽、广东和浙江等地成灾，几乎毁灭了在香港广泛分布的马尾松林。近距离传播主要靠媒介天牛，如松墨天牛，携带传播；远距离主要靠人为调运带疫（带松材线虫的天牛）的苗木、松材、松木包装箱及松木制品等进行传播。被松材线虫感染后的松树，针叶黄褐色或红褐色、萎蔫下垂，树脂分泌停止，在树干上可观察到天牛侵入孔或产卵痕迹，病树整株干枯死亡，木材蓝变。严重威胁用材林。由于扩展迅速，现已对黄山、张家界等风景名胜区的天然针叶林构成了巨大威胁。病原线虫通过媒介昆虫松褐天牛补充营养时从伤口进入松树木质部，寄生在树脂道中，大量繁殖后遍及全株，造成导管阻塞，植株失水，蒸腾作用降低，树脂分泌急剧减少和停止。在夏秋季针叶失水萎蔫褪绿变黄色至红褐色，松树整株枯死，且红色针叶当年不脱落，树干有大量天牛寄生痕迹，木质部呈蓝色。病害发展过程分4个阶段：
（l）松树外观正常，树脂分泌减少，蒸腾作用下降，在嫩枝上往往可见松褐天牛啃食树皮的痕迹；
⑵针叶开始变色，树脂分泌停止，除松褐天牛补充营养的痕迹外，还可发现产卵刻槽；
⑶大部分针叶变为黄褐色，萎蔫，可见松褐天牛的蛀屑；
⑷针叶全部变为黄褐色至红褐色，病树整株干枯死亡。控制办法，人工伐除病死树，防止疫区木材携带该种或天牛扩散传播，袋装熏蒸杀灭松墨天牛，利用天敌管氏肿腿蜂，防治天牛。
干旱时的奇景
干旱时会发出“呼救信号”
法国格勒诺布尔大学的研究人员将干松木碎片放入到水凝胶中来模拟一颗活树试验，而且已经分离出了超声波响声，这种声音的速度超出人类可听范围的百倍。研究人员将凝胶放入到一个人造的干旱环境中，并且倾听形成气泡时产生的噪音，这一过程类似于树木遭遇干旱时的情景。
首席实验员Philippe Marmottant说道，虽然实验室的试验只得出一个近似的结果，但是它帮助我们分离出树木所发出的响声。这也是第一次将水凝胶用于这种目的。他说道：“我们能够追踪到清晰的响声，而且我们发现大部分响声都与气泡有关，其中也不能排除比如裂缝或者昆虫等其它原因。
干旱时当树木尝试从干旱的土地中吸收水分就会形成气泡。当树叶收集二氧化碳一样，它会打开气孔，这个过程使它们易受到水分流失的危害。树木借助它的根系从地面吸收水分，并且通过导管向上运送。在树木当中通常存在数千根导管，依靠壁孔膜相互连接。干旱时木质导管的张力会增加，然后形成孔洞。
而花旗木和松树通常每时每刻都在修复这些损害，如果这些气泡阻挡水的传输，那么它们对于其它种类树木来说就是致命的。而且预计在2013年夏天就能问世。
