总的来说，新经济地理学和新兴古典区域理论都为解释经济活动的集聚现象提供了新的视角。它们抓住了导致产业集聚的最为本质的经济力量一收益递增，其核心思想都是由于经济中存在规模收益递增的效应，所以在地区间交易成本没有大到足以分割市场的条件下，就可能导致产业的集聚。但是，新地理经济学和新兴古典区域经济理论无论是在对经济聚集的分析方法上还是在解释聚集的具体原因上都存在着本质的差异。
具体来说，以克鲁格曼将为代表的新地理经济学家以经济聚集作为研究对象，以垄断竞争模型为理论支柱，用本地市场效应和价格指数效应解释了经济聚集的原因，并为经济活动的空间研究提供了一个主流经济学的标准分析框架。但是，新地理经济学未能深入到经济聚集现象的内部深入探讨影响经济演进机制的微观要素，也未能深入指出企业规模报酬的来源。而在这些方面，新兴古典经济学的提出就是用来解释分工和专业化问题的，因此，相比新地理经济学来说，新兴古典区域理论在解释区域聚集的成因时更有解释力度，并且更富有直观的经济含义。
（一）在解释经济聚集这个问题上，新地理经济学和新兴古典贸易理论的核心都是递增的规模报酬
新地理经济学中的规模收益来源于D－S模型中的固定成本导致的递减的边际成本，但是，新地理经济学和D－S模型并没有给这种固定成本以合理的解释。在现实的经济中，人们可以看到相比具有较高固定成本的大型企业，基本不具固定资本投资的科技类企业的聚集现象更为严重。相反。具有高固定成本的重工业企业则可能选址于资源分布地，而并不迁移到城市的中心。这样，新地理经济学不仅局限了产生聚集的企业类型，而且还与现实中的经济聚集现象相悖。而在新兴古典区域经济学中，规模报酬的来源被具体化为个体的专业化生产，并且在模型中内生了专业分工。专业化生产的人们聚集到城市的原因并不是因为递减的边际成本，而是回避交易产生的效率损失。这样，引起聚集的因素相比新地理经济学更加广泛和具体，其模型的结论也更符合现实。
（二）相对新地理经济学来说，新兴古典经济学更能把区域贸易和国际贸易理论统一起来
新地理经济学虽然来源于新国际贸易理论，但是在解释经济的区域聚集的同时却忽视了国际间贸易的存在。而新兴古典经济学本身就是为了解释内生贸易而产生的，所以能给区域贸易和国际贸易一个统一的框架。具体来说，在新兴古典贸易理论中，存在着专业化经济与交易费用的两难冲突。由于这个冲突，当交易效率低下时，分工的好处被交易费用造成的福利损失所抵消，人们选择低分工水平即自给自足，而不需要国内和国际贸易。当交易效率的提高使得分工的好处大于交易费用所造成的福利损失时，贸易开始在很多地方性市场中出现，但国内统一市场是不需要的。随着交易效率的进一步提高，国内统一市场出现。如果交易效率再进一步提高，则国内市场规模限制了分工的发展，所以国际贸易成为必要。可见，新兴古典贸易理论是一个能解释国际贸易如何从国内贸易发展而来，并将区域贸易与国际贸易的原理统一起来的理论。
（三）在新地理经济学的模型中，规模经济和比较优势是不能共存的，经济聚集的原因仅仅在于工业企业的规模报酬递增
这样，新地理经济学在把经济聚集现象归因于规模报酬的同时却忽视了外生条件差异产生的聚集。与之相比，新兴古典经济学却可以把规模经济和比较优势结合起来，这样，在模型的丰富程度和解释力度上要高于新地理经济学。具体来说，杨小凯（1997）就将外生比较利益因素引入基于递增规模报酬的新兴古典贸易模型，从而将传统贸易理论的基本思想纳入到新兴古典贸易理论的框架之下，这在一定程度上将外生比较优势和内生规模经济理论整合到统一框架下。
（四）新兴古典区域理论采用每个人既是生产者又是消费者的框架，能够将传统的消费者和生产者分离的分析统一起来
与新古典经济学一致，新地理经济学也采用了消费者和生产者相分离的分析方式，在分析消费者的时候忽视消费者的生产，在分析厂商的时候忽视消费者对商品的购买。虽然这种二分的分析方法带来了分析上的便利，但是也无法把消费和生产统一到一个框架下，从而产生了分析方法上的不一致问题。新兴古典的区域理论采用超边际的分析方法，统一了消费者的决策和生产者的决策：完善了区域经济分析的分析方法。
（五）新兴古典区域理论解决了递增规模报酬与竞争市场的相容性问题，指出了区域经济中竞争均衡和帕累托最优的一致性
新地理经济学为了解决规模收益与竞争性均衡存在的冲突，放弃了瓦尔拉斯均衡的概念，转而采取了D－S的垄断竞争分析框架。可以看到，在采用垄断竞争模型之后，新地理经济学虽然成功的处理了规模报酬的概念，但是这种处理是建立在特殊的效用函数和成本函数之上的，处理起来并没有普遍性。因此，在新地理经济学中采用普通的效用函数和生产函数会使得模型面临着竞争性均衡存在性和规模报酬相容的问题。并且，采用垄断竞争的分析的一个必然的结论是由于经济中存在垄断的定价，区域经济均衡的结果不是帕累拖最优的。
与之相反，新兴古典区域理论并不纠缠于递增规模报酬是否与竞争性市场相容的问题。首先在新兴古典经济学中，生产的专业化需要每个人付出他自己的劳动时间，而这种时间显然不能在人与人之间转移和代替，所以对专业化经济而言，劳动时间的规模总是有限的，因此专业化经济所产生的递增规模报酬存在一个界限，即专业化经济产生的是有限度、有范围的递增规模报酬。其次，采用每个人既是消费者又是生产者的框架，则每个人都可以选择一种职业，这就决定了他买什么和卖什么，即每个人的需求是由其供给决定的，这被杨格称为倒数需求律。在新兴古典贸易模型中，杨格的倒数需求律一直保持着，即消费需求和生产供给总是同时决定的。由于倒数需求律的作用，分工中专业化生产者对其产品价格的操纵能力会相互抵消，因此在新兴古典贸易理论中，以专业化为基础的递增规模报酬与竞争的市场是相容的。这与当代西方的经济实践是一致的。在美国，利用规模经济并不会导致市场失败，因此不需要政府的干预。私人企业在市场竞争的压力下总是争着合并成最优规模的大企业，这不但不会限制竞争、形成垄断，相反却加剧了竞争。这样，新兴古典贸易理论对递增报酬的处理使得在引入规模报酬的同时并不排斥竞争性均衡的存在。因此，新兴古典的区域经济理论中的递增的报酬是基于分工和专业化而在模型中内生，因而存在竞争均衡和帕累拖最优的一致性。
（六）需要指出的是，新兴古典区域理论也存在一些缺陷和不足
为了保证专业化经济中一般均衡的存在，新兴古典经济学往往要假设存在无限不可数多的经济个体，而在有限多个经济个体时则不存在分工和专业化的均衡。这个明显的不合理在一定程度上限制了新兴古典区域模型的实际应用。新兴古典经济学中，区域聚集的形成往往要靠交易效率的提高造成，而在模型中并没有内生交易效率的变化。因此，聚集的出现要依靠外生参数变化的假定。与新地理经济学相比，新兴古典区域理论由于采用了超边际分析的方法，限制了模型向动态的扩展，因此不能研究资本积累对分工和经济聚集的影响。关于劳动分工演进的许多数据无法从现有的统计资料中获得，因此很难用历史数据来验证新兴古典的区域经济理论。而且，由于劳动分工演进的过程是如此的缓慢，使得新兴古典区域理论在解释较为长期的区域贸易和城市的发展现象上具有优势，符合人们对区域贸易和经济聚集的直觉和观察，但对于实际经济问题它可能缺乏足够的解释力。
