一、主要病害
危害大头菜的主要病害是病毒。主要毒源是芜菁花叶病毒病。根芥幼苗感染病毒病后，叶片上出现褪绿色圆斑，心叶明脉。后期叶片显淡绿色与黄绿色斑驳或明显的花叶症状，叶片皱缩。成株受害后，心叶的症状同幼苗受害的症状。严重者叶面畸形，皱缩，叶脉坏死，植株矮化，停止生长或死亡。
病毒可在种株上越冬，也可在蔬菜、田边杂草上越冬。病毒主要通过蚜虫传播。
防治方法：1、适当晚播：根芥播种过早比适当晚播更易感染病毒病。在不影响肉质根膨大的情况下，应尽可能地晚播。根芥一般都作加工用。成熟的早晚对价值影响不大，因此，不必象其他大多数蔬菜作物那样为了提早上市，获得较高的价格而尽量提早播种。2、防治传毒媒介：蚜虫可用40％乐果乳剂2000倍稀释液或25％硅硫磷1000倍稀释液，或50％避蚜雾3000倍稀释液，或21％绿杀1500-2500倍稀释液，或1％蚜克500倍稀释液，或10％吡虫啉可湿性粉剂防治。
二、主要虫害
根芥的主要虫害有菜青虫、小菜蛾和蚜虫，留种植株上有潜叶蝇的危害。
1、菜青虫
成虫叫菜粉蝶。全国各地均有发生。幼虫食叶，使叶片穿孔，缺刻。成株期也有可能被危害。但无论哪个时期、受害程度都没有甘蓝和大白菜那么严重。菜青虫的幼虫青绿色，背面密生细毛和小黑点。
防治方法：及时清除田间残枝烂叶和杂草。气温20℃以上时，可用500-800倍Bt乳剂或青虫菌或7216喷雾防治。这是无公害蔬菜生产所需要的，应尽量提倡采用这类药剂防治。用50％辛硫磷乳油2000倍稀释液或25％杀虫双水剂500倍稀释液或25％溴氰菊酯3000倍稀释液，或5％卡死克、5％抑太保各4000倍稀释液或爱福丁1500倍稀释液，或菜农5号1000倍稀释液，或净叶宝1500倍稀释液，或害虫灭1000倍稀释液防治。
2、小菜蛾
小菜蛾也叫吊丝虫、两头尖等。幼虫为害叶片、嫩茎及幼果。初龄虫啃食叶肉，残留一面表皮。3龄后将叶片吃成孔洞，严重时叶面呈网状或只剩下叶脉。
幼虫体色较浅，呈淡绿色，纺锤形，体上有稀疏长黑刚毛。受惊后，立刻扭动身体，倒退或吐丝下垂，吊丝虫便因此而得名。惊忧停止后，又继续为害。每年8-10月为害最严重。
防治方法：与非十字花科作物轮作；及时清除田间残枝烂叶和杂草，夏秋之间，注意“断桥”。每亩菜地用400毫升Bt乳剂防治。可用5％抑太保乳油3000倍稀释液；或5％锐劲特胶悬剂4000倍稀释液，或98％巴丹可溶性粉剂200倍稀释液，或5％卡死克乳油3000倍稀释液防治。不同类型药剂交替使用，以免使小菜蛾产生抗药性。
3、蚜虫
蚜虫既是传播病毒的媒界，本身也对植物造成危害。蚜虫体形很小，分有翅蚜和无趣蚜两种。有翅蚜胸部发达，有透明膜质翅2对，前翅大，后翅小；无翅蚜虫，身体多呈卵圆形，体色分黄绿、黄褐、黑褐色几种。部分蚜可分泌膜质、蜡粉和蜡丝等。有翅蚜和无翅蚜，其腹部末端均有1个近圆锥形的尾片。
蚜虫在一年中有2个发生高峰：4月中旬至6月上旬，蚜量增多，形成第一个高峰。只是这个时期，根芥的种株在田间，生产性栽培的根芥已不在田间，上一年的已收获，当年的尚未播种。因此这一高峰对幼苗不会造成危害。第二高峰是秋冬季。主要以成虫和若虫群集在嫩叶上吸食汁液，常使叶片失绿变黄、萎蔫、皱缩。
