在人工栽培灵芝过程中，如果环境条件不良或管理不当，灵芝容易发生畸形病，会对灵芝的产量和质量造成影响，常见的畸形病主要有六种。 1. 鹿角状畸形 （1）主要性状。菌柄生出很多分枝，越往上长分枝越多且逐渐变细，顶端始终不形成菌盖。 （2）发生原因 。由于芝芽形成后，场所内二氧化碳浓度过高，加上光照不足，致使菌柄伸长，不断产生分枝，，而芝盖难以分化或形成很小的芝盖，引起芝体畸形。另外，在芝盖形成时，温度低于22摄氏度，也影响芝盖生长，而芝柄徒长，形成鹿角状分枝。 （3）防治方法。 掌握适期和适宜温度出芝。出芝期间，应加强通风和增强光照，保持芝棚内空气新鲜，光照强度维持在300-1000Lux为宜。 2.子母芝 （1）主要性状 从成熟的菌盖边缘再次长出1至多个浊菌盖。 （2）发生原因 通气条件时差时好，刺激菌盖加厚部分长出菌柄，在其满足正常生长条件时发育面小菌盖，也有的是由于机械刺激，损伤或虫害，致使再次产生菌柄并发育成菌盖， （3）防治方法 保持稳定的适生条件，防止机械损伤及虫害。 3. 柱状畸形 （1）主要性状 子实体分化成不规则的柱状。 （2）发生原困 通气不良，发生室二氧化碳浓度含量很高，灵芝失去了芝盖形成能力，而芝柄不断伸长，形成柱状畸形芝。另外，空气性对湿度过度，也影响芝盖分化，只长柱状柄芝。 （3）防治方法 加强通风换气，增高湿度。 4.柄长弯曲 （1）主要性状 有菌柄分化，不发生分枝，长成一细长条；向有光的一侧弯曲。 （2）发生原因 发生室内光线不足 （3）防治方法 增设窗门使每个培养点均有足够的漫射光。 5.柄盖弯斜不正 （1）主要性状 菌柄弯弯曲曲，菌盖歪斜不正。失去灵芝固有的形状。 （3） 发生原因 子实体生长过程中，经常改变光源位置或经常搬动和调动瓶袋的位置。 6.脑状畸形 （1）主要性状 子实体挤塞瓶口或袋装接种孔，分不清菌柄菌盖，子实层菌孔上翻。 （2）发生原因 温度匆高忽低或原基发生膨大后遇到冷空气袭击，同时通气不良。 （3）防治方法 加强控温，力争保持恒定温度，并加强通气。
